ツールのインストール方法

• 基本的にはどのサーバでもインストール可能だが、/suikouの共有元であるm32sノードにログインして作業したほうが速いのでm32sにログインする。
• ツールをインストールしたら、どういったサイトからダウンロードして、コンパイル時のオプションは何かとかを共有する目的でツールインストールログにログを登録すること。
• 解析ツールのインストールの基本的な流れは次の通り（実際にはコンパイル途中でエラーが出でて進まないことが多いと思う）

cd /suikou/download
wget http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss/releases/2.0.2/abyss-2.0.2.tar.gz
tar zvxf abyss-2.0.2.tar.gz
cd /suikou/download/abyss-2.0.2
./configure --prefix=/suikou/tool/abyss-2.0.2 #prefixを指定して、特定のディレクトリ以下にバイナリをインストールさせる
make -j 4   #4コアを使ってコンパイル
make install
#一般にsudo make installはよろしくないのでちゃんとprefixを指定する。

#ここからはパスを通すための設定
#ツールは/suikou/tool-all/binの中にシンボリックリンクを作成するとパスが通るようになっている。
#シンボリックリンクを作成する関数を定義してあるので、下記のコマンドを打てば/suikou/tool-all/binに/suikou/tool/abyss-2.0.2/binの中の実行ファイルのシンボリックリンクが作られる。
link1 /suikou/tool/abyss-2.0.2/bin

• tarで展開するだけでバイナリファイルができる場合はもっと簡単で、展開されたフォルダを/suikou/toolに移動して、下記のようにシンボリックリンクを作ればよい。

link1 /suikou/tool/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64/

• 他にも、例えばライブラリ系のインストールをする場合は

git clone https://github.com/pezmaster31/bamtools.git
mv bamtools bamtools_v2017-04-29  #gitからダウンロードした場合、バージョンなどがないことが多いので、そういう場合はダウンロードした日付をフォルダに付ける
#bamtoolsはCMAKEを使ってコンパイルする
mkdir bamtools-build
cd bamtools-build
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/suikou/tool/bamtools_v2017-04-29 ../bamtools_v2017-04-29
make -j 4
make install

#/suikou/tool/bamtools_v2017-04-29以下にbin, include, libフォルダが出来ていると思う。
#binにはPATHを通せばよいが、include、libはまた別の環境変数に登録する必要がある。
#それらの設定を行う関数を準備しているので、ライブラリの場合は下記のように入力する。
link2 /suikou/tool/bamtools_v2017-04-29
#この時、ディレクトリが消せないとかそういったエラーが幾つか出ると思うけど、気にしないで。