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研究室内サーバスペック
ハードウェア調査方法
#カーネル起動ログ dmesg #マザーボード、メモリなどの情報 dmidecode #RAIDカードなどの情報 lspci -nn
メモリ・CPU
HOSTNAME ARCH NCPU LOAD MEMTOT MEMUSE SWAPTO SWAPUS ------------------------------------------------------------------------------- global - - - - - - - lenocent2 lx24-amd64 4 0.01 9.8G 8.8G 4.9G 0.0 m12 lx24-amd64 8 0.01 11.6G 1.5G 64.0G 0.0 m128 lx24-amd64 40 0.02 1511.9G 16.3G 4.0G 0.0 m128b lx24-amd64 32 0.01 755.9G 5.7G 32.0G 0.0 m128i lx24-amd64 32 0.01 503.9G 3.5G 4.0G 0.0 m16 lx24-amd64 4 0.01 15.5G 1.6G 7.8G 0.0 m208 lx24-amd64 32 0.01 204.5G 7.6G 4.0G 380.5M m24 lx24-amd64 8 0.02 23.5G 1.9G 13.8G 0.0 m24m lx24-amd64 12 0.01 23.5G 686.5M 11.8G 0.0 m24n lx24-amd64 8 0.01 23.5G 753.0M 11.8G 0.0 m256 lx24-amd64 64 0.06 503.9G 4.3G 4.0G 0.0 m256i lx24-amd64 16 0.04 503.9G 3.5G 40.0G 0.0 m256y lx24-amd64 16 0.01 251.5G 23.5G 4.0G 1.0M m32 lx24-amd64 8 0.03 31.3G 515.8M 15.7G 0.0 m32i lx24-amd64 8 0.01 31.4G 366.6M 15.8G 0.0 m32s lx24-amd64 6 0.04 31.1G 14.6G 15.6G 98.5M m384 lx24-amd64 32 0.02 251.9G 2.4G 4.0G 0.0 m50v311n1 lx24-amd64 16 0.01 49.1G 915.7M 24.6G 0.0 m512 lx24-amd64 64 0.01 440.9G 3.7G 4.0G 0.0 m64g lx24-amd64 20 0.01 62.8G 2.8G 31.4G 0.0 m64k lx24-amd64 8 0.01 62.9G 1.9G 31.5G 0.0 m64m lx24-amd64 8 0.01 60.9G 918.4M 15.8G 0.0 m768 lx24-amd64 16 0.12 755.7G 10.3G 4.0G 0.0 m8 lx24-amd64 8 0.03 7.7G 752.3M 7.8G 0.0 m8b lx24-amd64 2 0.01 7.8G 970.5M 2.0G 0.0 m96 lx24-amd64 12 0.01 94.4G 1.5G 4.0G 0.0 m96b lx24-amd64 12 0.01 94.4G 31.5G 11.8G 0.0
ベンチマーク
BWAでサーバの全CPUを使って1GB程度のFASTQをゲノムにマッピングしたときに計算にかかった時間
m128 7.62 s m384 8.63 s m128i 8.91 s m128b 9.65 s m256 9.68 s m208 11.13 s m512 11.27 s m64g 12.41 s m50v311n1 12.77 s m768 13.48 s m96 14.08 s m256i 14.67 s m96b 14.99 s m256y 15.44 s m24m 19.47 s m8 23.46 s m32 23.52 s m24n 24.63 s m64k 27.05 s m64m 30.86 s m32s 33.89 s m12 39.38 s m24 40.04 s m16 53.26 s lenocent2 60.07 s m8b 84.78 s
BWAでサーバの1 CPUだけを使って1GB程度のFASTQをゲノムにマッピングしたときに計算にかかった時間
m50v311n1 105.15 s m64g 110.84 s m8 113.04 s m32 114.21 s m24n 117.35 s m768 120.68 s m256y 124.59 s m128i 124.86 s lenocent2 126.44 s m384 129.96 s m24m 130.96 s m64k 134.13 s m96 134.42 s m256i 135.47 s m128b 137.04 s m128 139.68 s m208 146.47 s m96b 147.57 s m24 154.50 s m8b 163.17 s m12 174.79 s m256 175.34 s m512 177.06 s m16 188.91 s m32s 191.24 s m64m 194.37 s
結論：シングルCPUだけを使った場合の性能はそんなに変わらないけど、最新のAMD Ryzenが仮想PCなのにちょっと速かった。全力で全CPUを使ってマッピングした場合、INTEL XEON E5-2690系のm128, m128b, m128i, m384が上位を独占。1台だけで全力でやるならこれらのサーバが速い。64コアもあるAMD Opteronのm256、m512はスレッド当たりの速度がXEONの半分くらいのようで、XEONの32スレッドと同じくらいなのが残念。
GPU
for i in m12 m16 m24 m48 m64 m64k m96 m128 ionproton m256 m256i m384 m512 m768; do echo $i; ssh $i /usr/sbin/lspci |grep -i vga; done m12 02:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GT218 [GeForce 210] (rev a2) m16 0d:00.0 VGA compatible controller: Matrox Electronics Systems Ltd. MGA G200e [Pilot] ServerEngines (SEP1) (rev 02) m24 02:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GT218 [GeForce 210] (rev a2) m48 01:03.0 VGA compatible controller: Matrox Electronics Systems Ltd. MGA G200eW WPCM450 (rev 0a) m64 04:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GF116 [GeForce GTX 550 Ti] (rev a1) m64k 02:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GF119 [GeForce GT 610] (rev a1) m96 01:03.0 VGA compatible controller: Matrox Electronics Systems Ltd. MGA G200eW WPCM450 (rev 0a) m128 08:01.0 VGA compatible controller: Matrox Electronics Systems Ltd. MGA G200eW WPCM450 (rev 0a) ionproton 02:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GF110GL [Tesla C2050 / C2075] (rev a1) 0a:00.0 VGA compatible controller: Matrox Electronics Systems Ltd. G200eR2 43:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GF110GL [Tesla C2050 / C2075] (rev a1) m256 01:04.0 VGA compatible controller: Matrox Electronics Systems Ltd. MGA G200eW WPCM450 (rev 0a) m256i 04:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GF119 [GeForce GT 610] (rev a1) m384 09:01.0 VGA compatible controller: Matrox Electronics Systems Ltd. MGA G200eW WPCM450 (rev 0a) 83:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GF119 [GeForce GT 610] (rev a1) m512 01:04.0 VGA compatible controller: Matrox Electronics Systems Ltd. MGA G200eW WPCM450 (rev 0a) m768 01:00.1 VGA compatible controller: Matrox Electronics Systems Ltd. MGA G200EH (rev 01)