parabricksの使い方

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parabricksの使い方 [2023/09/09 04:33] – 作成 suikouparabricksの使い方 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1
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-使い方としては、m1024にsshでログインして、 
-cd /data/$USER/work 
-とworkフォルダの本体のほうに移動してから、もしまだBWAのインデックスを作っていないなら 
-bwa index ref.fasta 
-としてインデックスを作って、下記のようにsingularity (現apptainer)を使ってGPUを使いながらマッピングが可能になります。 
-apptainer exec --nv --bind $PWD:$PWD --pwd $PWD /suikou/download9/singularity-images/clara-parabricks_4.1.0-1.sif pbrun fq2bam --ref ref.fasta --in-se-fq reads.fq.gz --out-bam output.parabricks.bam --no-markdups 
  
  • parabricksの使い方.1694234005.txt.gz
  • 最終更新: 2023/09/09 04:33
  • by suikou