accessionidからtaxonomypathへの変換

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accessionidからtaxonomypathへの変換 [2021/11/23 06:21] – 作成 133.11.144.12accessionidからtaxonomypathへの変換 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1
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-====== AccessionIDからTaxonomy Pathへの変換 ====== 
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-AccessionID⇒Taxonomy IDへの変換、Taxonomy ID⇒Taxonomy Pathへの変換の2段階で変換を行う。 
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-===== AccessionID⇒Taxonomy IDへの変換 ===== 
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-==== データのダウンロード ==== 
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-[[ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/accession2taxid/]] から''nucl_gb.accession2taxid.gz'' をダウンロード 
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-==== 変換 ==== 
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-    echo $accessionID | awk  -v accessionID=${accessionID}  '{if($1==accessionID){print $0}}' /suikou/files/m768b/ito.takumi/work/20210810_nucl_gb.accession2taxid/nucl_gb.accession2taxid |cut -f 3  
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  • 最終更新: 2021/11/23 06:21
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