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--- 2024-魚種判別・系統解析 [2024/11/04 08:24] – yonezawa
+++ 2024-魚種判別・系統解析 [2024/11/07 06:15] (現在) – yonezawa
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-{{ :sanger2024.zip |}}
 # rRNA配列を用いた魚種判別、系統樹解析
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 |ファイル名|注釈|
-|1-Akauo| |
+|1|しらす（茨城産）F|
-|1-Ebi| |
+|2|しらす（茨城産）R|
-|1-Ika| |
+|3|イワシ（銚子産）F |
-|1-Kurage| |
+|4|イワシ（銚子産）R |
-|1-NC|ネガティブコントロール|
+|5|マダイ（三重産）F|
-|1-Tako| |
+|6|マダイ（三重産）R|
-|2-Buri| |
+|7|サンマF|
-|2-Ika| |
+|8|サンマR|
-|2-NC|ネガティブコントロール|
+|9|かきあげF|
-|2-Sausage| |
+|10|かきあげR |
-|2-Shirasu| |
+|11|かまぼこF |
-|3-Chi| |
+|12|かまぼこR |
-|3-Fish| |
+|13|はんぺんF |
-|3-NC|ネガティブコントロール|
+|14|はんぺんR|
-|3-Nishi| |
+|15|ほっけF |
-|3-Shisyamo-egg| |
+|16|ほっけR |
-|3-Shisyamo-meat| |
+|17|いくらF |
-|3-Yama| |
+|18|いくらR |
-|4-Chikuwa| |
+|19|サーモンF |
-|4-Kanikama| |
+|20|サーモンR |
-|4-NC|ネガティブコントロール|
+|21|ツナマヨF|
-|4-Sasakama| |
+|22|ツナマヨR |
+|23|パンガシウスF |
+|24|パンガシウスR |
+|25|ビンチョウマグロF |
+|26|ビンチョウマグロR |
+|27|イカF |
+|28|タコF |
+|29|ブリF |
+|30|カツオF |
+|31|タコ小判（おでん）F|
+|32|イカR|
+|33|タコR|
+|34|ブリR|
+|35|カツオR|
+|36|タコ小判（おでん）R|
+## 製品の写真
+|1班|
 {{265490.jpg}}
+|2班|
 {{265486.jpg}}
+|3班|
+{{265485.jpg}}
+|4班|
+{{:265484.jpg?400|}}
+## PCR結果
+|1班|
+{{:1班_魚肉_ラベル.tif.png?400|}}
+|2班|
+{{:2班_魚肉_ラベル.tif.png?400|}}
+|3班|
+{{:3班_魚肉_ラベル.tif.png?400|}}
+|4班|
+{{:4班_魚肉_ラベル.tif.png?400|}}
-{{265485.jpg}}
-{{265484.jpg}}
 ## A. サンガーシーケンス配列解析、および系統樹作成のプログラムであるGeneiousの体験版をインストール
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 ．下記のzipデータをダウンロードし、アーカイブマネージャーで開いて、「展開」をクリックし、適当な場所にファイルを解凍する（OSによって操作は多少違います）。とりあえず使うのは各自担当したサンプルのフォワードとリバースのシーケンスデータですが、自分の番号のデータがない人は他のデータを使ってください。
-[[http://suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh_data/2023jissyu/2023sanger.zip]]
+{{ :sanger2024.zip |}}
 (右クリックして「名前を付けて保存」を選ばないとChromeではダウンロードできません。)
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 ．プライマーの配列から何塩基くらい離れたところからシーケンスが開始されているか、シーケンスデータとリファレンス配列が不一致な場所があれば、波形が綺麗に読まれているかどうかを確認する。
-自分の担当したサンプル番号とBLASTの結果を、Zoomのチャットに書き込んで提出する。
+自分の担当したサンプル番号とBLASTの結果を、紙に書き込んでTAに提出する。
 ## C. 系統樹作成
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 - NCBI NTデータベースとMitoFishデータベースの相同性検索結果に違いはあったか。どちらが望ましい結果だったか。
-- ネガティブコントロールは何が増えていたのか？　またネガティブコントロールと同じ結果になってしまったサンプルはどういうサンプルだったと言えるか？（実験のどの段階で怪しいと気づくことが可能だったか？）
 - BLASTでヒットしたトップヒットの種や近縁種の配列をGenbankからダウンロードして系統樹に追加してみると期待したとおりになったか。