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| 2022_11_18_local_blast_serverのアップデート [2022/12/09 08:23] – 133.11.50.163 | 2022_11_18_local_blast_serverのアップデート [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1 | ||
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| 行 1: | 行 1: | ||
| - | ====== Local Blast Serverのアップデート ====== | ||
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| - | Local Blast Serverの管理ページは、mizobata.hideaki@m768.sで動いている。これを起動・終了するには、root権限が必要。root権限で誤操作をすると甚大な被害を引き起こすので、極めて注意して利用し、操作が終わったらすぐにexitする。 | ||
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| - | rootに入る | ||
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| - | ``` | ||
| - | su - | ||
| - | ``` | ||
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| - | Local Blast Server管理ページのステータスを確認 | ||
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| - | systemctl status mizobatanpmstart.service | ||
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| - | 管理ページをストップ | ||
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| - | systemctl stop mizobatanpmstart.service | ||
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| - | rootから抜ける | ||
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| - | exit | ||
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| - | これだけでは停止していない場合があるので、ポート3000番で動いているlocalblastserverを止める。 | ||
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| - | 3000番で動いているタスクの確認。PID番号を確認する。 | ||
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| - | lsof -i:3000 | ||
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| - | 上で確認したPIDを停止する。 | ||
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| - | kill 2500 | ||
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| - | 管理ページのスクリプトは/ | ||
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| - | 自動npm startするserviceファイル（/ | ||
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| - | rootに入る | ||
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| - | su - | ||
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| - | サービスファイルの修正 | ||
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| - | nano / | ||
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| - | ``` | ||
| - | [Unit] | ||
| - | Description=automatic npm start | ||
| - | After=syslog.target network.target | ||
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| - | [Service] | ||
| - | Type=simple | ||
| - | ExecStart=/ | ||
| - | WorkingDirectory=/ | ||
| - | KillMode=process | ||
| - | Restart=always | ||
| - | User=mizobata.hideaki | ||
| - | Group=suikou | ||
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| - | [Install] | ||
| - | WantedBy=multi-user.target | ||
| - | ``` | ||
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| - | rootから抜ける | ||
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| - | exit | ||
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| - | 新しいsequence serverは```/ | ||
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| - | ``` | ||
| - | route/ | ||
| - | const dbdna = "/ | ||
| - | const dbprotein = "/ | ||
| - | const seqserver = "/ | ||
| - | const makeblastdbplace = "/ | ||
| - | ``` | ||
| - | ``` | ||
| - | route/ | ||
| - | const makeblastdbplace = "/ | ||
| - | const seqserver = "/ | ||
| - | const dbplace = seqserver + "/ | ||
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| - | ※upload.jsは、PATH一覧以外にも上の方にアップロード先ディレクトリを指定する場所があるので、そこも変えるように気をつける！！！ | ||
| - | ``` | ||
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| - | 試しに起動して挙動を確かめる | ||
| - | |||
| - | npm start | ||
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| - | githubに同期する | ||
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| - | ``` | ||
| - | git add -A | ||
| - | git commit -m " | ||
| - | git push origin main | ||
| - | ``` | ||
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