2021_11_16

差分

このページの2つのバージョン間の差分を表示します。

この比較画面へのリンク

両方とも前のリビジョン 前のリビジョン
次のリビジョン		 前のリビジョン
2021_11_16 [2021/11/16 13:09] – 133.11.222.892021_11_16 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1
行 1: 行 1:
-20211116 
- 
-「time」コマンドを用いて、コマンド実行にかかる時間、メモリを表示する。↓はメモリ表示の追加コマンド 
- 
-  alias time='/usr/bin/time -f "real time: %E (%e s)\nsystem time: %S s\nuser time:%U s\nmax memory: %M KB"' 
-   
-SILVAデータベースのダウンロード 
- 
-   wget https://www.arb-silva.de/fileadmin/silva_databases/current/Exports/SILVA_138.1_SSURef_NR99_tax_silva_trunc.fasta.gz 
-    
-学生実験nanoporeデータのダウンロード 
- 
-　 wget http://suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh_data/2021jissyu/2021nanopore.zip 
- 
-nanopore.zipの展開 
- 
-  unzip 2021nanopore 
-   
-SILVAデータベースの展開 
- 
-  gzip -d SILVA_138.1_SSURef_NR99_tax_silva_trunc.fasta.gz 
-   
-SILVAデータベースのmakeblastdb 
- 
-  makeblastdb -in SILVA_138.1_SSURef_NR99_tax_silva_trunc.fasta -dbtype nucl 
-   
-nanoporeフォルダへの移動 
- 
-  cd 2021nanopore/ 
-   
-fatsqファイルのfastaファイルへの変換 
- 
-  awk 'NR%4==1{print ">"substr($1,2)} NR%4==2{print $0}' group2-16S-Sanshiroike1.fq > group2-16S-Sanshiroike1.fasta 
-   
-vsearchフォルダへの移動 
- 
-  cd ../ 
- 
-Blast検索 
- 
-  time blastn -db SILVA_138.1_SSURef_NR99_tax_silva_trunc.fasta -query 2021nanopore/group2-16S-Sanshiroike1.fasta -num_threads 16 -out 2021nanopore/group2-16S-Sanshiroike1.fasta.blastn 
-   
-  ^Creal time: 3:59.38 (239.38 s) 
-  system time: 45.88 s 
-  user time:3402.65 s 
-  max memory: 332916 KB 
-   
-nanoporeフォルダへの移動 
- 
-  cd 2021nanopore/ 
-   
-group4-16Sデータのfasta変換 
- 
-  awk 'NR%4==1{print ">"substr($1,2)} NR%4==2{print $0}' group4-16S-Sanshiroike2.fq > group4-16S-Sanshiroike2.fasta 
-   
-Blast検索 
- 
-  time blastn -db SILVA_138.1_SSURef_NR99_tax_silva_trunc.fasta -query 2021nanopore/group4-16S-Sanshiroike2.fasta -num_threads 1 -out 2021nanopore/group4-16S-Sanshiroike2.fasta.blastn 
- 
-  real time: 3:42.29 (222.29 s) 
-  system time: 0.11 s 
-  user time:221.29 s 
-  max memory: 254756 KB 
- 
- 
- 
- 
  
  • 2021_11_16.1637068197.txt.gz
  • 最終更新: 2021/11/16 13:09
  • by 133.11.222.89