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| 20210728 [2021/07/28 07:15] – 133.11.144.10 | 20210728 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1 | ||
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| - | ====== 20210728 ====== | ||
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| - | ===== mitoFishデータベースのInputファイルを作成 ===== | ||
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| - | ・SRR5877065が未終了。Blastが動作しており、書き込みが続いていることを確認。 | ||
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| - | ・リード数がペアエンド間で異なるシーケンスデータに関しては、片側のみを用いるように変更。 | ||
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| - | ===== nt Blastに必要な時間の計測 ===== | ||
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| - | ・５readのシーケンスデータを用いて、ntデータベースにBlast検索を行う。1readあたりの時間を算出。 | ||
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| - | 以下概算 | ||
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| - | blast 10:52~11:05 15min/5read | ||
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| - | 3min/read | ||
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| - | シーケンスデータ数 1798 ≒ 1800 | ||
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| - | 1sample辺り 1万リード | ||
| - | (1.8 * 10^3) * (1 * 10^4)read * 3min/read = 5.4 * 10^7 min = 54000000 = 5400万 min = 90万 h = 3.75万 日 = (10CPU: 3750日) = (30台：100日) | ||
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| - | 1sample辺り nリード | ||
| - | (1.8 * 10^3) * n read * 3min/read = 5400n min = 90n hour = 3.75n days | ||
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| - | ===== ntデータベースとmitofishデータベースの比較 ===== | ||
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| - | mitoFishのデータベースの場合、人のDNAがコンタミしていた場合でも、サメの12Sの配列と認識してしまう可能性があり、一致率を検討してあげる必要がある。 | ||
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| - | 以下の2点について調べる。 | ||
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| - | ・ntデータベースとMitoFishデータベースによるinputファイルの違い。 | ||
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| - | ・Blast結果ファイルに記述されているIndentityの値など。 | ||
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| - | 以下のスクリプトを実行した。 | ||
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| - | run_gridcompute.sh | ||
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| - | #sample data(Ex:/ | ||
| - | sample=$1 | ||
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| - | #run grid engine | ||
| - | for prefix in `cat ${sample}` ;do runGE-8cpu-128gb-512gb-machine bash / | ||
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