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| 20210506 [2021/05/06 08:56] – 133.11.144.10 | 20210506 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1 | ||
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| 行 1: | 行 1: | ||
| - | ====== 20210506 ====== | ||
| - | |||
| - | ===== グラフを描画するためのモジュールを作成 ===== | ||
| - | createGraphモジュールでグラフを表示するHTMLファイルを生成 | ||
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| - | tmp/ | ||
| - | |||
| - | これをresult.htmlでiframeタグを利用して表示する。 | ||
| - | |||
| - | |||
| - | ==== 凡例の文字サイズの変更 ==== | ||
| - | var options = { legend: { textStyle: { fontSize: 8 } } }; | ||
| - | |||
| - | ==== 条件に一致するファイルやディレクトリの一覧を取得する ==== | ||
| - | [[https:// | ||
| - | globモジュールを利用 | ||
| - | |||
| - | import glob | ||
| - | for name in glob.glob(' | ||
| - | print(name) | ||
| - | |||
| - | 以下の出力が得られる | ||
| - | |||
| - | >> ./test\back | ||
| - | >> ./ | ||
| - | >> ./ | ||
| - | |||
| - | ==== リストの結合 ==== | ||
| - | |||
| - | list + list | ||
| - | もしくは | ||
| - | list.extend(list) | ||
| - | |||
| - | ==== get()メソッドを使ってキーが存在しない場合はデフォルト値を取得 ==== | ||
| - | * 辞書オブジェクトのget()メソッドを使うと、キーが存在しない場合にエラーを発生させずに任意の値（デフォルト値）を取得できる | ||
| - | * 第一引数にキーを指定する。キーが存在する場合は対応する値valueが返り、キーが存在しない場合はNoneが返る。 | ||
| - | * None以外の値を返したい場合は、第二引数にキーが存在しない場合に返すデフォルト値を指定する。 | ||
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| - | ===== Kronaによる組成の表示 ===== | ||
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| - | ==== KronaのSingularityコンテナの作成 ==== | ||
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| - | - 学生実験用Linuxにssh接続 | ||
| - | - KronaイメージをPull 【[[https:// | ||
| - | - SingularityイメージをBuild。 | ||
| - | - scpコマンドでm50v251n3サーバに転送 | ||
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| - | ==== Krona用Inputファイルの作成 ==== | ||
| - | createKronaInputモジュールでインプットファイルを作成 | ||
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| - | 割合→Taxanomyの順でタブ区切りのテキストファイルを作成 (tmp/ | ||
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| - | 以下のコマンドでkronaのHTMLファイルを作成 | ||
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| - | singularity run script/ | ||
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| - | result.htmlにiframeタグで埋め込み | ||
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| - | ===== qsubのログファイルの出力先を指定 ===== | ||
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| - | qsub -e ./qsub_log -o ./ | ||