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| 配列中の任意の文字の出現割合を集計 [2018/05/30 09:05] – 作成 157.82.194.14 | 配列中の任意の文字の出現割合を集計 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1 | ||
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| 行 1: | 行 1: | ||
| - | ====== seqkitを用いた文字出現割合の集計 ====== | ||
| - | fastaファイルの配列にどの文字がどれくらいの割合で出現するかカウントするとき、ここでもseqkitが使える。 | ||
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| - | <code bash> | ||
| - | cat <(echo -e Name\\tAla\\tArg\\tAsn\\tAsp\\tCys\\tGln\\tGlu\\tGly\\tHis\\tIle\\tLeu\\tLys\\tMet\\tPhe\\tPro\\tSer\\tThr\\tTrp\\tTyr\\tVal\\tunknown\\tTerminal) <(cat mitCDSSeqFrameProt.fa | sed -e 's/ /_/g' | seqkit fx2tab -nB A, | ||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | ここではミトコンドリアCDSのアミノ酸配列に対し各残基が出現する割合をseqkitのfx2tabにより求めている。 | ||