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| 2025 [2025/11/07 03:42] – [5. 生物種ごとの出現頻度を集計] suikou | 2025 [2025/11/07 15:08] (現在) – [4. コンセンサス配列の生物種名を調べる] suikou | ||
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| 行 346: | 行 346: | ||
| ## 2. クラスタリング | ## 2. クラスタリング | ||
| + | |||
| + | 最初に… | ||
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| + | ``` | ||
| + | pip3 install pandas | ||
| + | ``` | ||
| a. まずeDNA、メタゲノムごとにシーケンスデータをひとつのファイルにまとめる。ここではeDNAの場合を説明する。 | a. まずeDNA、メタゲノムごとにシーケンスデータをひとつのファイルにまとめる。ここではeDNAの場合を説明する。 | ||
| 行 430: | 行 436: | ||
| ``` | ``` | ||
| - | 上記は魚の12S rRNA配列のデータベースなので、メタゲノムの場合は下記の通りSILVAのデータベースを使用する。 | + | 上記は魚の12S rRNA配列のデータベースで、元千葉県立中央博物館の宮博士、佐土博士らによってメンテナンスされているデータベース。メタゲノムの場合は下記の通りSILVAのデータベースを使用する。 |
| Windows | Windows | ||