linux入門_2023 [講義ノート]

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# Linux入門 2023

## 1日目 (2023/4/20)

### CentOS7入門書を読む

\\share.s\shared\Book\できるPro CentOS7サーバ.pdf

82ページまで。

### Hyper-VにCentOS7をインストールしてみる

https://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/dokuwiki/doku.php?id=centos7test%E3%82%B5%E3%83%BC%E3%83%90%E3%82%BB%E3%83%83%E3%83%88%E3%82%A2%E3%83%83%E3%83%972023

## 2日目 (2023/4/27)
### CentOS7入門書を読む

83-114ページ。

本に書いていないけど、関連する内容で良く使うコマンド

```
ls -lhtr #今いるディレクトリの中のファイルを古い順から詳細を表示する
cp -r A B #ディレクトリAをBという名前（もしくはBという既存のディレクトリの中にAという名前）でコピーする
tar vxf XXX.tar.gz #gzip、bzip2、xz圧縮なのかは自動で判断して解凍してくれる
more XXX.txt #テキストファイルの内容を確認する
nano XXX.txt #テキストファイルを編集する
```

ファイル名などは「Tab」キーで補完するほうが間違えないので確認のためにも「Tab」を押すのがオススメ

### テスト

https://forms.gle/k7FYpEFjyx8Z3Xti6

## 3日目 (2023/5/11)
### CentOS7入門書を読む

115-154、197-205ページ。主に115-123、146-154ページ。

適当なユーザ(例：user1)を一つ追加して、そのユーザのホームフォルダー(例：/home/user1)の中にあるファイルを表示するにはどうすれば良いか考えてみる。

### HTTPサーバ設置

```
#HTTPサーバ(Apache)のインストール
sudo yum install httpd

#HTTPサーバの起動とOS起動時にHTTPサーバを自動起動するように登録
sudo systemctl enable --now httpd

#ファイアーウォールを停止させる
sudo systemctl disable --now firewalld

#自分のIPアドレスを確認する
ip a
```

### テスト

https://forms.gle/QTFZ4wTYtPnB78CQ6

## 4日目 (2023/5/25)

### CentOS7入門書を読む

155-174ページ。

## 5日目 (2023/6/1)
### Linuxコマンドライン入門

7-61ページ。

補足: ```Ctrl + S```を間違って押して画面が固まったら```Ctrl + Q```を押すとロックが解除される。

### テスト

https://forms.gle/J7VV99ttnr9gj2Ga9

## 6日目 (2023/6/8)
### Linuxコマンドライン入門

62-116ページ。

### テスト

https://forms.gle/vAcURAwGzYjt7b3T8

## 7日目 (2023/6/15)
### Linuxコマンドライン入門

117-185ページ。

### テスト

https://forms.gle/2bopNrfkRy3uLWHa7


## 8日目 (2023/6/22)
### Linuxコマンドライン入門

186-253ページ。

### テスト

https://forms.gle/wvL2hhtFCXzcFzDg7


## 9日目 (2023/6/29)
### Linuxコマンドライン入門

254-302ページ。

### テスト

https://forms.gle/UMz2nVQo1so2EToB8

## 10日目 (2023/7/6)
### Linuxコマンドライン入門

303-335ページ。

### テスト

https://forms.gle/jiqJBcVBJ3QG86Qc8

## 11日目
### Linuxコマンドライン入門

336-347ページ。

### テスト

https://forms.gle/o9S19ByktcnfPrdKA

## 12日目
### Linuxコマンドライン入門

348-363ページ。

### 研究室の新サーバの使い方

WEBブラウザでRを実行してみる。試しに房総半島沖の魚類の種間相互作用ネットワークらしきものを描いてみる。

研究室のサーバ一覧：https://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/dokuwiki/doku.php?id=web

今回使用するデータの論文：https://elifesciences.org/reviewed-preprints/85795#s2

#### Terminalのほうで下記を実行

```
cd work
git clone https://github.com/ong8181/eDNA-BosoFish-network.git
```

右下の「Files」のタブでworkフォルダの中の「eDNA-BosoFish-network」に移動して、「More」→「Set As Working Directory」としてRのConsoleの作業ディレクトリを移動しておく。(```setwd("~/work/eDNA-BosoFish-network/")```が実行される。)

{{:pasted:20230720-022101.png}}

#### Consoleで下記を実行

```
# 必要なパッケージのインストールと読み込み
install.packages("igraph")
install.packages("Hmisc")
library(igraph)
library(Hmisc)

# 相関行列の計算（ここではSpearman相関を使用）、テストで先頭20種だけを使ってみる
asv_df <- read.csv("data/asv_table.csv", row.names = 1)
cor_matrix <- rcorr(as.matrix(asv_df[,1:20]), type = "spearman")

# 相関が0.6以上のみを対象とする（これは任意の閾値で、データによります）
adj_matrix <- ifelse(abs(cor_matrix$r) >= 0.6, 1, 0)

# igraphオブジェクトの作成
g <- graph_from_adjacency_matrix(adj_matrix, mode="undirected")

# ネットワークのプロット
plot(g)
```

### テスト

https://forms.gle/W3KfoZuUdXBFaHLE9