2023-魚種判別・系統解析

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2023-魚種判別・系統解析 [2023/11/04 16:08] – suikou2023-魚種判別・系統解析 [2023/11/06 11:19] (現在) – suikou
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 ## サンプルリスト ## サンプルリスト
  
-|ファイル名|食品名|+|ファイル名|注釈|
 |1-Akauo| | |1-Akauo| |
 |1-Ebi| | |1-Ebi| |
 |1-Ika| | |1-Ika| |
 |1-Kurage| | |1-Kurage| |
-|1-NC| |+|1-NC|ネガティブコントロール|
 |1-Tako| | |1-Tako| |
 |2-Buri| | |2-Buri| |
 |2-Ika| | |2-Ika| |
-|2-NC| |+|2-NC|ネガティブコントロール|
 |2-Sausage| | |2-Sausage| |
 |2-Shirasu| | |2-Shirasu| |
 |3-Chi| | |3-Chi| |
 |3-Fish| | |3-Fish| |
-|3-NC| |+|3-NC|ネガティブコントロール|
 |3-Nishi| | |3-Nishi| |
 |3-Shisyamo-egg| | |3-Shisyamo-egg| |
行 25: 行 25:
 |4-Chikuwa| | |4-Chikuwa| |
 |4-Kanikama| | |4-Kanikama| |
-|4-NC| |+|4-NC|ネガティブコントロール|
 |4-Sasakama| | |4-Sasakama| |
  
行 87: 行 87:
 1．下記のzipデータをダウンロードし、アーカイブマネージャーで開いて、「展開」をクリックし、適当な場所にファイルを解凍する（OSによって操作は多少違います）。とりあえず使うのは各自担当したサンプルのフォワードとリバースのシーケンスデータですが、自分の番号のデータがない人は他のデータを使ってください。 1．下記のzipデータをダウンロードし、アーカイブマネージャーで開いて、「展開」をクリックし、適当な場所にファイルを解凍する（OSによって操作は多少違います）。とりあえず使うのは各自担当したサンプルのフォワードとリバースのシーケンスデータですが、自分の番号のデータがない人は他のデータを使ってください。
  
-[[http://suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh_data/2022jissyu/2022sanger.zip]]+[[http://suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh_data/2023jissyu/2023sanger.zip]]
  
 (右クリックして「名前を付けて保存」を選ばないとChromeではダウンロードできません。) (右クリックして「名前を付けて保存」を選ばないとChromeではダウンロードできません。)
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 - NCBI NTデータベースとMitoFishデータベースの相同性検索結果に違いはあったか。どちらが望ましい結果だったか。 - NCBI NTデータベースとMitoFishデータベースの相同性検索結果に違いはあったか。どちらが望ましい結果だったか。
 +
 +- ネガティブコントロールは何が増えていたのか？　またネガティブコントロールと同じ結果になってしまったサンプルはどういうサンプルだったと言えるか？（実験のどの段階で怪しいと気づくことが可能だったか？）
  
 - BLASTでヒットしたトップヒットの種や近縁種の配列をGenbankからダウンロードして系統樹に追加してみると期待したとおりになったか。 - BLASTでヒットしたトップヒットの種や近縁種の配列をGenbankからダウンロードして系統樹に追加してみると期待したとおりになったか。
  
  • 2023-魚種判別・系統解析.1699114123.txt.gz
  • 最終更新: 2023/11/04 16:08
  • by suikou