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| 2023-魚種判別・系統解析 [2023/11/04 15:45] – suikou | 2023-魚種判別・系統解析 [2023/11/06 11:19] (現在) – suikou | ||
|---|---|---|---|
| 行 4: | 行 4: | ||
| ## サンプルリスト | ## サンプルリスト | ||
| - | |ファイル名|食品名| | + | |ファイル名|注釈| |
| |1-Akauo| | | |1-Akauo| | | ||
| |1-Ebi| | | |1-Ebi| | | ||
| |1-Ika| | | |1-Ika| | | ||
| |1-Kurage| | | |1-Kurage| | | ||
| - | |1-NC| | | + | |1-NC|ネガティブコントロール| |
| |1-Tako| | | |1-Tako| | | ||
| |2-Buri| | | |2-Buri| | | ||
| |2-Ika| | | |2-Ika| | | ||
| - | |2-NC| | | + | |2-NC|ネガティブコントロール| |
| |2-Sausage| | | |2-Sausage| | | ||
| |2-Shirasu| | | |2-Shirasu| | | ||
| |3-Chi| | | |3-Chi| | | ||
| |3-Fish| | | |3-Fish| | | ||
| - | |3-NC| | | + | |3-NC|ネガティブコントロール| |
| |3-Nishi| | | |3-Nishi| | | ||
| |3-Shisyamo-egg| | | |3-Shisyamo-egg| | | ||
| 行 25: | 行 25: | ||
| |4-Chikuwa| | | |4-Chikuwa| | | ||
| |4-Kanikama| | | |4-Kanikama| | | ||
| - | |4-NC| | | + | |4-NC|ネガティブコントロール| |
| |4-Sasakama| | | |4-Sasakama| | | ||
| 行 41: | 行 41: | ||
| 1．ウェブブラウザを開く。 | 1．ウェブブラウザを開く。 | ||
| - | 2．Geneiousのインストールファイルをダウンロードする。下記のページの「Download...」ボタンをクリックします。(スクリーンショットは一部古くなっている箇所もあり、OSやバージョンがずれていることがあります。) | + | 2．Geneiousのインストールファイルをダウンロードする。下記のページの「Download...」ボタンをクリックします。(スクリーンショットはMacの場合です。) |
| https:// | https:// | ||
| - | {{:pasted:20201015-161334.png}} | + | {{:pasted:20231104-154652.png}} |
| - | 3．「ファイルを保存する」で「OK」を押します。 | + | 3．ダウンロードが完了したらダウンロードしたファイルをクリックして開きます。（ブラウザ上で見当たらなければ、Windowsならエクスプローラー(Explorer)、MacならFinderを開いて、ダウンロード(Downloads)フォルダを開きます。) |
| - | {{:pasted:20201015-161501.png}} | + | {{:pasted:20231104-154845.png}} |
| - | 4．ダウンロードが完了したらダウンロードしたファイルを開き、Geneiousのインストーラに従ってインストールを行います。 | + | 4．Geneiousのインストーラが起動するのでインストーラーに従ってインストールを行います。(下の画面はAgreeをクリック) |
| + | |||
| + | {{: | ||
| + | |||
| + | 5.Macの場合は「Geneious Prime」のアイコンをアプリケーションフォルダにドラッグ＆ドロップしてGeneiousをインストールします。 | ||
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| + | {{: | ||
| + | |||
| + | WindowsやLinuxの場合は下記のようなインストーラーが出るので、インストールします。 | ||
| {{: | {{: | ||
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| {{: | {{: | ||
| - | 5．そのままGeneiousを起動します。 | + | 6．Geneiousを起動します。(Windowsなら画面下のスタートボタンからGeneiousを起動、MacならアプリケーションフォルダからGeneiousを起動) |
| + | |||
| + | {{: | ||
| + | |||
| + | 7.Macの場合は開いても良いか聞かれるので「開く」を押す。 | ||
| + | |||
| + | {{: | ||
| 6．「Trial Later」をクリックします。 | 6．「Trial Later」をクリックします。 | ||
| - | {{:pasted:20201015-162927.png}} | + | {{:pasted:20231104-160116.png}} |
| ## B. データベースで相同性検索を行う | ## B. データベースで相同性検索を行う | ||
| 行 73: | 行 87: | ||
| 1．下記のzipデータをダウンロードし、アーカイブマネージャーで開いて、「展開」をクリックし、適当な場所にファイルを解凍する（OSによって操作は多少違います）。とりあえず使うのは各自担当したサンプルのフォワードとリバースのシーケンスデータですが、自分の番号のデータがない人は他のデータを使ってください。 | 1．下記のzipデータをダウンロードし、アーカイブマネージャーで開いて、「展開」をクリックし、適当な場所にファイルを解凍する（OSによって操作は多少違います）。とりあえず使うのは各自担当したサンプルのフォワードとリバースのシーケンスデータですが、自分の番号のデータがない人は他のデータを使ってください。 | ||
| - | [[http:// | + | [[http:// |
| (右クリックして「名前を付けて保存」を選ばないとChromeではダウンロードできません。) | (右クリックして「名前を付けて保存」を選ばないとChromeではダウンロードできません。) | ||
| 行 201: | 行 215: | ||
| - NCBI NTデータベースとMitoFishデータベースの相同性検索結果に違いはあったか。どちらが望ましい結果だったか。 | - NCBI NTデータベースとMitoFishデータベースの相同性検索結果に違いはあったか。どちらが望ましい結果だったか。 | ||
| + | |||
| + | - ネガティブコントロールは何が増えていたのか？ またネガティブコントロールと同じ結果になってしまったサンプルはどういうサンプルだったと言えるか？（実験のどの段階で怪しいと気づくことが可能だったか？） | ||
| - BLASTでヒットしたトップヒットの種や近縁種の配列をGenbankからダウンロードして系統樹に追加してみると期待したとおりになったか。 | - BLASTでヒットしたトップヒットの種や近縁種の配列をGenbankからダウンロードして系統樹に追加してみると期待したとおりになったか。 | ||