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| 2020-魚種判別・系統解析 [2020/10/27 09:33] – suikou | 2020-魚種判別・系統解析 [2020/10/29 15:52] (現在) – suikou | ||
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| 行 153: | 行 153: | ||
| 13．Geneiousで「File」→「Import」→「From File...」をクリックし、先ほどダウンロードしたGenBankファイルを開く。 | 13．Geneiousで「File」→「Import」→「From File...」をクリックし、先ほどダウンロードしたGenBankファイルを開く。 | ||
| - | 14．シーケンスデータと、インポートしたGenBankファイルを選択し、「Align/ | + | 14．シーケンスデータと、インポートしたGenBankファイルを選択し、「Align/ |
| {{: | {{: | ||
| 行 176: | 行 176: | ||
| 1．下記のファイルには46種の生物のミトコンドリア16S rRNA配列が含まれているのでダウンロードする。 | 1．下記のファイルには46種の生物のミトコンドリア16S rRNA配列が含まれているのでダウンロードする。 | ||
| - | http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/ | + | http:// |
| 2．Geneiousの「File」→「Import」→「From File...」からダウンロードしたファイルを開く。その際、「Nucleotide sequences」→「Keep sequences separate」を選んでおく。 | 2．Geneiousの「File」→「Import」→「From File...」からダウンロードしたファイルを開く。その際、「Nucleotide sequences」→「Keep sequences separate」を選んでおく。 | ||
| - | 3．開いた配列を全て選択して、「Align/ | + | 3．開いた配列を全て選択して、「Align/ |
| 4．マルチプルアライメント結果を選択した状態で、「Tree」をクリックし、UPGMAによる系統樹を作成する。その際各分岐の確からしさをブートストラップ法によって求めるため、「Resample tree」にチェックを入れて「OK」を押す。 | 4．マルチプルアライメント結果を選択した状態で、「Tree」をクリックし、UPGMAによる系統樹を作成する。その際各分岐の確からしさをブートストラップ法によって求めるため、「Resample tree」にチェックを入れて「OK」を押す。 | ||
| 行 195: | 行 195: | ||
| 作成した系統樹は既知の系統樹と一致するか、一致しない場合は理由を考えてみる。 | 作成した系統樹は既知の系統樹と一致するか、一致しない場合は理由を考えてみる。 | ||
| + | |||
| + | 既知の系統樹の例：http:// | ||
| ## E. 検討項目の例 | ## E. 検討項目の例 | ||
| 行 206: | 行 208: | ||
| ## F. 提出物 | ## F. 提出物 | ||
| - | 11月3日（火）23: | + | 11月3日（火）23: |