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 - 各班のシーケンスデータ
- [[http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh_data/jissyu/|1]]
+ [[http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh_data/2017jissyu/group1.1k.fastq|1]]
- [[http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh_data/jissyu/|2]]
+ [[http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh_data/2017jissyu/group2.1k.fastq|2]]
- [[http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh_data/jissyu/|3]]
+ [[http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh_data/2017jissyu/group3.1k.fastq|3]]
- [[http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh_data/jissyu/|4]]
+ [[http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh_data/2017jissyu/group4.1k.fastq|4]]
 ### シーケンスデータの説明
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 . SILVA databaseの解凍
- SILVA_128_SSURef_Nr99_tax_silva.fasta.gzをダブルクリックすると解凍されるので、解凍された「SILVA_128_SSURef_Nr99_tax_silva.fasta」ファイルをデスクトップに移動する。
+ SILVA_128_SSURef_Nr99_tax_silva.fasta.gzをダブルクリックすると解凍される(もしくはsafariでダウンロードしていたら自動で解凍されている)ので、解凍された「SILVA_128_SSURef_Nr99_tax_silva.fasta」ファイルをデスクトップに移動する。
  {{2007jissyu_4_.jpg}}
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  > の後ろには出力ファイルの名前を書く。(拡張子はMEGANに読み込ませるために「.blastn」とすること)
-. MEGANによる結果表示
+---
+### BLASTについての説明
+■ 相同性検索について [[http://mlab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/~mkasa/upbsb2006/upbsb_shotgun_day1.pdf|東大 新領域 情報生命 笠原先生の講義資料]]より
+{{aln1.png}}
+{{aln2.png}}
+{{aln3.png}}
+{{aln4.png}}
+■ BLASTとは [[http://www.jst.go.jp/nbdc/bird/minicourses/blast-tutorial.pdf|JST HPより]]
+BLASTは、相同性検索（ホモ ロジーサーチ）を比較的高速に行うプログラムである。厳密な解を提供する Smith-Watermanアルゴリズムを少しヒューリスティックにすることで、完全な厳密解は与えないものの実用的には十分な精度を持ちつつ、 Smith-Watermanよりはるかに高速に検索を実現した。 また、BLASTではペアワイズの相同性検索の結果に対して、偶然そのような配列の一致が起こる期待値e-valueを出力し、閾値以上でデータベースとヒットした結果を出力する。
+BLASTでは、問い合わせ配列とデータベース配列の組み合わせから、次の5種類が用意されている。
+|プログラム名|query|db||
+|blastn|DNA|DNA||
+|blastp|protein|protein||
+|blastx|DNA|protein|(DNAはアミノ酸に翻訳して比較)|
+|tblastn|protein|DNA|(DNAはアミノ酸に翻訳して比較)|
+|tblastx|DNA|DNA|(DNAはアミノ酸に翻訳して比較)|
+Blastの結果についての説明
+https://www.jaici.or.jp/stn/pdf/seqfaq.pdf
+{{2017jissyu_2_.jpg}}
+---
+． MEGANによる結果表示
  MEGANではLowest Common Ancestor (LCA)法によって最もらしい元配列を推測している。LCA法の説明は[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1800929/figure/F2/|こちら]]
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  {{2007jissyu_23_.jpg}}
- {{2007jissyu_24_.jpg}}
+ 解析が終わっていない人、もしくはほかの班のデータも見たい人は以下のリンクから各班のBLAST結果をダウンロード可能。
+ [[http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh_data/2017jissyu/group1.1k.fasta.blastn.gz|1]]
+ [[http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh_data/2017jissyu/group2.1k.fasta.blastn.gz|2]]
+ [[http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh_data/2017jissyu/group3.1k.fasta.blastn.gz|3]]
+ [[http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh_data/2017jissyu/group4.1k.fasta.blastn.gz|4]]
+ {{2017jissyu_10_.jpg}}
+ {{2017jissyu_9_.jpg}}
  LCAのパラメータを変更する場合は、ここで変更する。(後からでも変更可能)
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  {{2007jissyu_28_.jpg}}
+．MEGANで複数サンプルの比較
+ blastnファイルを複数回開いたら、開いたウィンドウをそのままにした状態で、「File」→「Compare」とクリックして比較したいサンプルを選択し、「Apply」をクリックする。
+ {{megan-c1.jpg}}
+ 比較ウィンドウを開くと、とりあえず下記のように表示される。
+ {{megan-c2.jpg}}
+ 表示形式を変更したりすると下記のように表示される。
+ {{megan-c3.jpg}}
+ ExcelやR等で解析する場合は、データをタブ区切りテキスト形式でExportする。Exportしたいノードをクリックして(全部Exportする場合は全部選択して)、「File」→「Export」→「CSV Format」をクリックする。
+ {{megan-c4.jpg}}
+ Exportするデータを「taxonPath_to_count」に変更してみる。(ほかのデータでも勿論可)
+ {{megan-c5.jpg}}
+ {{megan-c6.jpg}}
+．Excelでの解析
+ ExportしたファイルをExcelで開くには、右クリックして「このアプリケーションで開く」→「Microsoft Excel」をクリックする。
+ {{excel1.jpg}}
+ フィルターを使ってみたり、グラフを描いてみたりする。Excelでデータの概要を把握するのに役立つテクニックとして、条件付き書式を設定することで、データの大小を一目でわかるようにできたりする。
+ {{excel2.jpg}}
+## Excelファイルの提出先
+akyoshita@g.ecc.u-tokyo.ac.jp