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| 茨城大学2019 [2019/09/26 04:29] – [第7回 メタゲノム解析] suikou | 茨城大学2019 [2019/09/26 09:11] (現在) – [第7回 メタゲノム解析] suikou |
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| * ショットガンメタゲノム解析 | * ショットガンメタゲノム解析 |
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| ショットガンメタゲノム解析は得られる情報量は多いが、1TB程度のメモリのサーバが必要になったりする等解析コストが非常に高く、また解析フローが共通化されてお決まりのパターンがあるとは言い難い。解析フローの一例を挙げると、MEGAHITでアセンブルを行い、Metabinでメタゲノムの中から個別のバクテリアゲノムを分離し、Metaxaでバクテリアゲノムのアノテーション(種同定)を行う。個人的な感想としては、20年後くらいに環境の違いを議論するときのために現在はデータを取っておくフェーズなのかなという印象。既知遺伝子の新しいバリエーションを探すには有効だと思われる（例：CRISPR/Cas探索など）。 | ショットガンメタゲノム解析は得られる情報量は多いが、1TB程度のメモリのサーバが必要になったりする等解析コストが非常に高く、また解析フローが共通化されてお決まりのパターンがあるとは言い難い。解析フローの一例を挙げると、MEGAHITでアセンブルを行い、MetaBATでメタゲノムの中から個別のバクテリアゲノムを分離し、Metaxaでバクテリアゲノムのアノテーション(種同定)を行う。個人的な感想としては、20年後くらいに環境の違いを議論するときのために現在はデータを取っておくフェーズなのかなという印象。既知遺伝子の新しいバリエーションを探すには有効だと思われる（例：CRISPR/Cas探索など）。 |
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| データ解析が終わっていない人は、[[http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh/lib/exe/fetch.php?media=result.zip]]からダウンロードしてください。 | データ解析が終わっていない人は、[[http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh/lib/exe/fetch.php?media=result.zip]]からダウンロードしてください。 |