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| 茨城大学2019 [2019/09/25 19:08] – [第5回 IGV、Geneiousを使用したデータ解析] suikou | 茨城大学2019 [2019/09/26 09:11] (現在) – [第7回 メタゲノム解析] suikou |
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| * エンリッチメント解析を行うためのExcelでの下準備 | * エンリッチメント解析を行うためのExcelでの下準備 |
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| | [[http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh/lib/exe/fetch.php?media=result.edger.isoforms.count_table.c108.p50t.txt.c108.down.p50t.up.txt.blastx.xlsx|前日までの解析でExcelファイルを作れなかった人向けのテストデータ]] |
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| データ解析を行うときにプログラミングスキルは必須ではなく、目的の処理を行うツール名を知っているか、ツールのインストールが出来るか、オプションを間違えずに設定できるか、必要なデータベースにアクセスできるか、ウェットの実験と同じく目的のデータだけ使わずにコントロールとして別のデータで検証する姿勢があるかといったことのほうが圧倒的に大事だと感じているが、そうは言ってもちょっとした一回限りのフォーマット変換や、集計などは頻繁に行うため、簡単なプログラミングは知っておいたほうが便利である。 | データ解析を行うときにプログラミングスキルは必須ではなく、目的の処理を行うツール名を知っているか、ツールのインストールが出来るか、オプションを間違えずに設定できるか、必要なデータベースにアクセスできるか、ウェットの実験と同じく目的のデータだけ使わずにコントロールとして別のデータで検証する姿勢があるかといったことのほうが圧倒的に大事だと感じているが、そうは言ってもちょっとした一回限りのフォーマット変換や、集計などは頻繁に行うため、簡単なプログラミングは知っておいたほうが便利である。 |
| * ショットガンメタゲノム解析 | * ショットガンメタゲノム解析 |
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| ショットガンメタゲノム解析は得られる情報量は多いが、1TB程度のメモリのサーバが必要になったりする等解析コストが非常に高く、また解析フローが共通化されてお決まりのパターンがあるとは言い難い。解析フローの一例を挙げると、MEGAHITでアセンブルを行い、Metabinでメタゲノムの中から個別のバクテリアゲノムを分離し、Metaxaでバクテリアゲノムのアノテーション(種同定)を行う。個人的な感想としては、20年後くらいに環境の違いを議論するときのために現在はデータを取っておくフェーズなのかなという印象。既知遺伝子の新しいバリエーションを探すには有効だと思われる（例：CRISPR/Cas探索など）。 | ショットガンメタゲノム解析は得られる情報量は多いが、1TB程度のメモリのサーバが必要になったりする等解析コストが非常に高く、また解析フローが共通化されてお決まりのパターンがあるとは言い難い。解析フローの一例を挙げると、MEGAHITでアセンブルを行い、MetaBATでメタゲノムの中から個別のバクテリアゲノムを分離し、Metaxaでバクテリアゲノムのアノテーション(種同定)を行う。個人的な感想としては、20年後くらいに環境の違いを議論するときのために現在はデータを取っておくフェーズなのかなという印象。既知遺伝子の新しいバリエーションを探すには有効だと思われる（例：CRISPR/Cas探索など）。 |
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| | データ解析が終わっていない人は、[[http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh/lib/exe/fetch.php?media=result.zip]]からダウンロードしてください。 |
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| ## 第8回 NGSを使った研究実例紹介 | ## 第8回 NGSを使った研究実例紹介 |