練習問題の解答例_4

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—練習問題の解答例_4 [2019/07/15 02:46] (現在) – 作成 - 外部編集 127.0.0.1
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 +# 5'->3'側への伸長と、3'->5'側への伸長を試してみるバージョン
 +
 +<code java>
 +package train;
 +
 +import java.io.BufferedReader;
 +import java.io.File;
 +import java.io.FileReader;
 +import java.util.ArrayList;
 +import java.util.Collections;
 +import java.util.Comparator;
 +import java.util.HashMap;
 +import java.util.Map;
 +
 +public class Day4 {
 +
 + static int k=21;
 +
 + public static ArrayList<Map.Entry<String, Integer>> sortHash(HashMap<String, Integer> map){
 + ArrayList<Map.Entry<String, Integer>> mapValuesList = new ArrayList<Map.Entry<String, Integer>>(map.entrySet());
 +
 + Collections.sort(mapValuesList, new Comparator<Map.Entry<String, Integer>>() {
 + @Override
 + public int compare(Map.Entry<String, Integer> entry1, Map.Entry<String, Integer> entry2) {
 + return ((Integer) entry2.getValue()).compareTo((Integer) entry1.getValue());
 + }
 + });
 + return mapValuesList;
 + }
 +
 + public static String searchfor(HashMap<String, Integer> map, ArrayList<String> fin, String kstr){
 +
 +    String tempk2=kstr.substring(1,k);
 +    String[] acgt={"A","C","G","T"};
 +    int maxcov=0;
 +    String maxbp="";
 +    for(String a : acgt){
 +    if(map.get(tempk2+a)!=null && map.get(tempk2+a)>maxcov){
 +    maxbp=a;
 +    maxcov=map.get(tempk2+a);
 +    }
 +    }
 +    if(maxcov>0 && !fin.contains(tempk2+maxbp)){
 + fin.add(tempk2+maxbp);
 +    return maxbp+searchfor(map, fin, tempk2+maxbp);
 +    }
 + return "";
 + }
 +
 + public static String searchback(HashMap<String, Integer> map, ArrayList<String> fin, String kstr){
 +
 +    String tempk2=kstr.substring(0,k-1);
 +    String[] acgt={"A","C","G","T"};
 +    int maxcov=0;
 +    String maxbp="";
 +    for(String a : acgt){
 +    if(map.get(a+tempk2)!=null && map.get(a+tempk2)>maxcov){
 +    maxbp=a;
 +    maxcov=map.get(a+tempk2);
 +    }
 +    }
 +    if(maxcov>0 && !fin.contains(maxbp+tempk2) ){
 + fin.add(maxbp+tempk2);
 +    return searchback(map, fin, maxbp+tempk2)+maxbp;
 +    }
 + return "";
 + }
 +
 + public static void main(String[] args) {
 + // TODO 自動生成されたメソッド・スタブ
 +
 + HashMap<String, Integer> map = new HashMap<String, Integer>();
 +    File file = new File("C:\\Users\\asakawa\\Desktop\\SRR987657.fastq");
 +    BufferedReader br;
 + int n=0;
 + try {
 + br = new BufferedReader(new FileReader(file));
 +     String str = br.readLine();
 +     while(str != null){
 +         n++;
 +         if(n%4==2){
 +         for(int i=0;i<=str.length()-k;i++){
 +         String tempk=str.substring(i, i+k);
 +         if(map.get(tempk)==null){
 +         map.put(tempk, 1);
 +         }else{
 +         map.put(tempk, map.get(tempk)+1);
 +         }
 +         }
 +         }
 +
 +         if(n%400000==0){
 +             System.out.println(n/4+"リード読み込み完了");
 +         }
 +         str = br.readLine();
 +     }
 +     br.close();
 +     System.out.println(n/4+"リード読み込み完了");
 +
 +     ArrayList<Map.Entry<String, Integer>> sortedlist=sortHash(map);
 +     ArrayList<String> fin=new ArrayList<String>();
 +
 +     for(int i=0;i<sortedlist.size();i++){
 +     String tempk=sortedlist.get(i).getKey();
 +     if(!fin.contains(tempk)){
 +     fin.add(tempk);
 +     String tempstr = searchback(map,fin,tempk)+tempk+searchfor(map,fin,tempk);
 +     if(tempstr.length()>1000){
 +     System.out.println(">"+sortedlist.get(i).toString()+"_"+tempstr.length());
 +     System.out.println(tempstr);
 +     }
 +     }
 +     }
 +
 + } catch (Exception e) {
 + // TODO 自動生成された catch ブロック
 + e.printStackTrace();
 + }
 + }
 +}
 +</code>
 +
 +さらに工夫すべき点としては、伸長するときに相補鎖を調べるとか、分岐しているような箇所は伸長せずに止めるとか、一定の出現頻度以下のk-merは無視するとか、色々と必要。
 +