練習問題の解答例_2

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練習問題の解答例_2 [2017/06/19 09:31] – 作成 210.149.253.5練習問題の解答例_2 [2019/07/15 02:46] (現在) – 外部編集 127.0.0.1
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 解答例 解答例
  
-```+ちなみにDRR017220.fastqに対してsimilarity 0.95以上でクラスタリングした結果は371個のOTUが出来ます。 
 + 
 +<code java>
 package clustering; package clustering;
  
行 72: 行 74:
  
         
 +    //1番目のリードに対して、similarityを計算
     System.out.println(arraySeq.get(0));     System.out.println(arraySeq.get(0));
         
     for(int i=1;i<arraySeq.size();i++){     for(int i=1;i<arraySeq.size();i++){
     if(getsim(arraySeq.get(0), arraySeq.get(i)) >= 0.95){     if(getsim(arraySeq.get(0), arraySeq.get(i)) >= 0.95){
-    //System.out.println(arrayName.get(i)+": "+arraySeq.get(i));+    System.out.println(arrayName.get(i)+": "+arraySeq.get(i));
     }     }
     }     }
  
  
 +    //クラスタリングを行う
     int otu=0; // OTUの数を保存する変数     int otu=0; // OTUの数を保存する変数
     boolean[] clusteredFlag = new boolean[arraySeq.size()];     boolean[] clusteredFlag = new boolean[arraySeq.size()];
行 112: 行 116:
  
 } }
-```+</code>
  • 練習問題の解答例_2.1497864681.txt.gz
  • 最終更新: 2019/07/15 02:46
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