メタゲノム解析用ツールのインストール_linux_ubuntu_の場合 [講義ノート]

この文書は読取専用です。文書のソースを閲覧することは可能ですが、変更はできません。もし変更したい場合は管理者に連絡してください。

# Linux (Ubuntu)の場合のインストール方法

## BLASTのインストール

まずは、パッケージマネジャを更新します。ターミナルで下記のコマンドを入力してください。

```
sudo apt update
```

実行したら、パスワードを聞かれるので、「programming」と入力します。入力しても何も表示されませんが、ちゃんと入力されていますので、「programming」と入力して「Enter」キーを押してください。更新したら下記のコマンドでBlastをインストールします。

```
sudo apt install -y ncbi-blast+
```

makeblastdb や blastn といったコマンドが使えるようになっているはずです。

{{:pasted:20201025-033113.png}}

## FASTQCのインストール

下記のコマンドを入力します。

```
sudo apt install -y fastqc
```

ファイルダウンロード用のcurlコマンドをインストールしておきます。

```
sudo apt install -y curl
```

## MEGANのインストール

https://software-ab.informatik.uni-tuebingen.de/download/megan6/welcome.html

から

https://software-ab.informatik.uni-tuebingen.de/download/megan6/MEGAN_Community_unix_6_20_8.sh

をダウンロード。ターミナルを開いて、下記のコマンドを実行。

```
cd ~/ダウンロード
sh MEGAN_Community_unix_6_20_8.sh
```

{{:pasted:20201030-180539.png}}

その後、「Next」などを押してインストールを進める。途中で下記の画面で使用するメモリの最大値を設定するところがあるので、6,000 MBに上げておく。デフォルトの2,000 MBでは不足する。

{{:pasted:20201030-180905.png}}