バイオインフォマティクス_ツールインストール方法_2019

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バイオインフォマティクス_ツールインストール方法_2019 [2019/07/23 07:21] – suikouバイオインフォマティクス_ツールインストール方法_2019 [2019/09/25 06:51] (現在) – [Mac] suikou
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 Hello from Docker! と表示されればOK Hello from Docker! と表示されればOK
 +
 +5．.gz圧縮ファイルを解凍するソフトのインストール
 +
 +NGSのデータ解析では普通にWindowsで使われる.zipの圧縮ではなく、.gz圧縮が用いられる。そのため、それを解凍することが出来るソフトウェアをインストールする。（例：Lhaplus https://forest.watch.impress.co.jp/library/software/lhaplus/ 但し、Lhaplusは4GBを超えるようなZIPファイルには対応していないため、zipだけはWin標準の機能を使ったほうが良く、ツールインストール時にzipのチェックは外しておいたほうが良い。)
  
 # Mac # Mac
行 137: 行 141:
 /usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)" /usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
  
-echo "export PATH=/usr/local/opt/coreutils/libexec/gnubin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin:${PATH} >> ~/.bash_profile"+echo 'export PATH=/usr/local/opt/coreutils/libexec/gnubin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin:${PATH} 
 +export PATH=/usr/local/Cellar/grep/3.3/libexec/gnubin/:$PATH 
 +export PATH=/usr/local/Cellar/findutils/4.7.0/libexec/gnubin:$PATH' >> ~/.bash_profile
 source ~/.bash_profile source ~/.bash_profile
  
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 ``` ```
 途中でMacのパスワードが聞かれるはずなので、入力する。 途中でMacのパスワードが聞かれるはずなので、入力する。
- 
  
 # Bioinformatics toolsのインストール # Bioinformatics toolsのインストール
行 427: 行 432:
 https://marinegenomics.oist.jp/pearl/download/pfu_genome1.0.fasta.gz https://marinegenomics.oist.jp/pearl/download/pfu_genome1.0.fasta.gz
  
 +[[2019 blast練習回答例]]
  • バイオインフォマティクス_ツールインストール方法_2019.1563866503.txt.gz
  • 最終更新: 2019/07/23 07:21
  • by suikou