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--- バイオインフォマティクス_ツールインストール方法_2019 [2019/07/23 03:00] – [次回以降] suikou
+++ バイオインフォマティクス_ツールインストール方法_2019 [2019/09/25 06:51] (現在) – [Mac] suikou
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 EOF2
+exit
 ```
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 Hello from Docker! と表示されればOK
+．.gz圧縮ファイルを解凍するソフトのインストール
+NGSのデータ解析では普通にWindowsで使われる.zipの圧縮ではなく、.gz圧縮が用いられる。そのため、それを解凍することが出来るソフトウェアをインストールする。（例：Lhaplus https://forest.watch.impress.co.jp/library/software/lhaplus/ 但し、Lhaplusは4GBを超えるようなZIPファイルには対応していないため、zipだけはWin標準の機能を使ったほうが良く、ツールインストール時にzipのチェックは外しておいたほうが良い。)
 # Mac
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 /usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
-echo "export PATH=/usr/local/opt/coreutils/libexec/gnubin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin:${PATH} >> ~/.bash_profile"
+echo 'export PATH=/usr/local/opt/coreutils/libexec/gnubin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin:${PATH}
+export PATH=/usr/local/Cellar/grep/3.3/libexec/gnubin/:$PATH
+export PATH=/usr/local/Cellar/findutils/4.7.0/libexec/gnubin:$PATH' >> ~/.bash_profile
 source ~/.bash_profile
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 ```
 途中でMacのパスワードが聞かれるはずなので、入力する。
 # Bioinformatics toolsのインストール
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 http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/document/
+## 練習
+下記の配列はアコヤガイのとある遺伝子の予測された塩基配列です。
+```
+atgactctgaaggatgccctcaacaaaagtcacacaaatacaggaaacatgctcacaata
+cttcaaagctttgaaaatcgtttaaagaagttagagggaacagttgagcctgtttacaat
+gagacagaaatgctgcggcgcagacaagaaaatatagagaaaactatgacaacactggac
+aatgtgctgggttactaccatattgctaaagatgtacaagatttgattaaagaaggtcca
+gtagtttgtggtctggagaagtacctgtctactatggaccggctgctccaagcactgaac
+tactttaataaacataacccaaccagtctggaagtgacagatgtcatcaaagtatatgat
+gatggtaaagatacattgaatgcagagttccgtagtttacttggtcgtcactgtcgtccg
+gtgccggctgttactatactggatttactaggaccagatgaagagttacaaacaatggaa
+aatgatgcacccatagaacatctgcctgagaaaattgtgaatgatttaaccctcatcgca
+aagtggctatacaccaatggtaaagctacagagtatatgaaagattacaccaaagtcagg
+tcccaaatgctcctctactctctgcaggggaactcaataaagcggaaggctaccacggcc
+ttgatgcagtccccttttgatccaggtcatagaagacaaggctcttataacgaattgaca
+aaagaggaaagttttgatgttgaaattgatatctacataacagaactaacagcattgctg
+aaacttattcagaatgaccctgagagatcttcgatgccccgagacggtacagttcatgaa
+ctgacaaaccataccattatagtactggagcccctgttagattatgctgagacagctggg
+gccatgttactcacccatggtgaacatgcagttccatctgatgctgtggatgtcaagaaa
+agtaaactcaagttggctgactatatcactaaggttttgtcagcattaggattaaactta
+agtaacaaggcagaaacttacagtgatccaatactcagacatgtgttcatgcttaataac
+tatcactacatactcaagtctttaaaaaggtctggggtattagaattaattcacacatgg
+aataaagatgtaggacagttttatgaggaccagatacatgaacaaaaaagactttattcc
+cagagctggagtaaagttctacattttgtactggaaatgaatgagccaatatcccaacaa
+agaatccagcaaatggagacatcaaagataaaggacaaagaaaagcagaatataaaagac
+aagttctctggattcaacaaagagttggaagaaatctcacgtgttcagaaagcatacgcc
+attcctgatccagaactgagggacaatatcaagaaagacaataaagaatatattgtgccg
+cgatacaagcttttcttagaaaaatttcaacggctgaacttcacaaagaattcagaaaaa
+tatatgaaatacactgtaaaggatgtggaagaaacacttgataaatttttcgatacttca
+gcttaa
+```
+この配列は、近縁種であるカキのExocyst complex component 7と相同性がありますが、一部のExonが欠損しています。(遺伝子予測が間違っている。)
+それを調査してみましょう。
+使用するのは、BLASTのblastxコマンドを使ってみてください。
+BLASTの使い方の説明：https://togotv.dbcls.jp/20170606.html
+カキのExocyst complex component 7のアミノ酸配列
+```
+>EKC30356.1 Exocyst complex component 7 [Crassostrea gigas]
+MLTILQSFENRLRKLENTVEPVYNETEMLRRRQENIEKTMVTLDNVLGYYHVGKEVEEFIKEGPHNCGLE
+KYLSIMDRLVQAHNYFNKHNPTSLELTDVIRVYDDGKEALVIEFRTLLGRHCRPVPPVMVLDMISTDEEL
+QGSDDIQLEHLPEKILTELSLISTWLFNNTKNTEYMKDYTRSRSSMLIKSLQGHSFKRRAVITLMQSPFD
+PGNKRQGSHAELPKEENLDVEVDIYITELSALLKLIQSEAQLMSGIIADKHHRSVFDNIIQEGLDSVIKN
+GELLAVNAKKSIAKHDFINVLSVFPVLKHLRSIKPEFDLTLEGCATPTRAKLTSLLSTLGSTAAKALEEF
+ALSIKTDPEKASMPKDGTVHELTNRTIIFLEPLQDYADTAGAMLLLHGEQAAPSEAVDPKKSKMRLADYI
+TKTLSALGLNLTIKAETYSDPTLRPVFMLNNYHYILKSLKRSGLLDLIHTWNKDVGQFYEDRINEQKKLY
+SESWSRVMHYITEVHEPISQQRIQAMENSKLKDKEKQNIKDKFSGFNKELEDILKIQKGYAIPDPELREQ
+MKKDNKDFIIPAFRMFLDKFKRLNFTKNPEKYIKYSVQDVAEVVDKLFDMSA
+```
+さらに、下記のURLからアコヤガイのゲノムをダウンロードして、遺伝子予測で欠損しているExonはどのscaffoldに乗っているか調べてください。fasta.gzファイルを解凍するコマンドは```gzip -d ```です。
+https://marinegenomics.oist.jp/pearl/download/pfu_genome1.0.fasta.gz
+[[2019 blast練習回答例]]