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--- バイオインフォマティクス_ツールインストール方法_2019 [2019/07/21 11:25] – [スパコンや研究室のクラスターPCでの利用] suikou
+++ バイオインフォマティクス_ツールインストール方法_2019 [2019/09/25 06:51] (現在) – [Mac] suikou
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 EOF2
+exit
 ```
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 Hello from Docker! と表示されればOK
+．.gz圧縮ファイルを解凍するソフトのインストール
+NGSのデータ解析では普通にWindowsで使われる.zipの圧縮ではなく、.gz圧縮が用いられる。そのため、それを解凍することが出来るソフトウェアをインストールする。（例：Lhaplus https://forest.watch.impress.co.jp/library/software/lhaplus/ 但し、Lhaplusは4GBを超えるようなZIPファイルには対応していないため、zipだけはWin標準の機能を使ったほうが良く、ツールインストール時にzipのチェックは外しておいたほうが良い。)
 # Mac
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 /usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
-echo "export PATH=/usr/local/opt/coreutils/libexec/gnubin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin:${PATH} >> ~/.bash_profile"
+echo 'export PATH=/usr/local/opt/coreutils/libexec/gnubin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin:${PATH}
+export PATH=/usr/local/Cellar/grep/3.3/libexec/gnubin/:$PATH
+export PATH=/usr/local/Cellar/findutils/4.7.0/libexec/gnubin:$PATH' >> ~/.bash_profile
 source ~/.bash_profile
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 ```
 途中でMacのパスワードが聞かれるはずなので、入力する。
 # Bioinformatics toolsのインストール
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 ```
 で削除可能。
+## Dockerfileからイメージのビルド
+上述のように、起動しているコンテナの中にツールをインストールするのではなく、予め決められた手順でイメージを新規作成することも可能である。
+その際にはDockerfileという名前のファイルを作成し、手順を記述する。
+例えば、diamondという相同性検索ツールはBioContainersには登録されていないが、ツールの作者がDockerfileを作成してくれているため、簡単に自分でイメージを作成できる。
+手順は下記の通り。
+```
+git clone https://github.com/bbuchfink/diamond.git
+cd diamond
+docker build -t diamond .
+#-t の後はイメージの名前になるので、わかりやすい名前を付ける(今回はdiamond)
+```
+インストール後は、
+```
+docker run -it --rm -v $PWD:$PWD -w $PWD diamond sh
+```
+で使用可能。
+他にもDockerfileを配布しているツールは最近多い。
 ## スパコンや研究室のクラスターPCでの利用
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 ```
+# 次回以降
-## Dockerfileからイメージのビルド
+次回以降、それぞれ調査するツールのカテゴリを決めて（他の人と重なっても良い）、２週間に１つ以上ツールを調べて報告する。
+調査２回目以降は、自分で過去に調べたツールの結果と何かしらの比較をすること。（計算時間、メモリー使用量、ディスク使用量、正確さ、感度などの中から興味のあるものについて）
-上述のように、起動しているコンテナの中にツールをインストールするのではなく、予め決められた手順でイメージを新規作成することも可能である。
+調べた結果を下記のWordpressのブログに記入する。言語は自由。お互いGoogle翻訳で何とかしましょう。
-その際にはDockerfileという名前のファイルを作成し、手順を記述する。
+ただし、報告会で説明するときに見せる画面は英語にすること。(あらかじめ英語を併記するか、Google翻訳が自然な英語になるような日本語を書くなど工夫してください。)
-例えば、diamondという相同性検索ツールはBioContainersには登録されていないが、ツールの作者がDockerfileを作成してくれているため、簡単に自分でイメージを作成できる。
+http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/blog/
-手順は下記の通り。
-```
+ログインは下記のURLから、ID,パスワードは、研究室のサーバにログインするときと同じ。ただし、ログイン後にパスワードやメールアドレスは変更しておくこと。
-git clone https://github.com/bbuchfink/diamond.git
-cd diamond
-docker build -t diamond .
-#-t の後はイメージの名前になるので、わかりやすい名前を付ける(今回はdiamond)
-```
-インストール後は、
-```
-docker run -it --rm -v $PWD:$PWD -w $PWD diamond sh
-```
-で使用可能。
-他にもDockerfileを配布しているツールは最近多い。
+http://webpark1634.sakura.ne.jp/blog/wp-login.php
-# 次回以降
+インストールしてほしいWordpressのプラグインがあれば、ご連絡ください。
-次回以降、それぞれ調査するツールのカテゴリを決めて（他の人と重なっても良い）、２週間に１つ以上ツールを調べて報告する。
-調査２回目以降は、自分で過去に調べたツールの結果と何かしらの比較をすること。（計算時間、メモリー使用量、ディスク使用量、正確さ、感度などの中から興味のあるものについて）
-少なくともスライドは英語で作成すること。
 カテゴリとツールの例
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 ```
-スライドは共有フォルダの
+下記は２年前のエンリッチメント解析ツールを調査したときに提出していただいたスライド一覧です。
+http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/document/
+## 練習
+下記の配列はアコヤガイのとある遺伝子の予測された塩基配列です。
 ```
-Slides and Reports/Study group/2019 Bioinformatics tools
+atgactctgaaggatgccctcaacaaaagtcacacaaatacaggaaacatgctcacaata
+cttcaaagctttgaaaatcgtttaaagaagttagagggaacagttgagcctgtttacaat
+gagacagaaatgctgcggcgcagacaagaaaatatagagaaaactatgacaacactggac
+aatgtgctgggttactaccatattgctaaagatgtacaagatttgattaaagaaggtcca
+gtagtttgtggtctggagaagtacctgtctactatggaccggctgctccaagcactgaac
+tactttaataaacataacccaaccagtctggaagtgacagatgtcatcaaagtatatgat
+gatggtaaagatacattgaatgcagagttccgtagtttacttggtcgtcactgtcgtccg
+gtgccggctgttactatactggatttactaggaccagatgaagagttacaaacaatggaa
+aatgatgcacccatagaacatctgcctgagaaaattgtgaatgatttaaccctcatcgca
+aagtggctatacaccaatggtaaagctacagagtatatgaaagattacaccaaagtcagg
+tcccaaatgctcctctactctctgcaggggaactcaataaagcggaaggctaccacggcc
+ttgatgcagtccccttttgatccaggtcatagaagacaaggctcttataacgaattgaca
+aaagaggaaagttttgatgttgaaattgatatctacataacagaactaacagcattgctg
+aaacttattcagaatgaccctgagagatcttcgatgccccgagacggtacagttcatgaa
+ctgacaaaccataccattatagtactggagcccctgttagattatgctgagacagctggg
+gccatgttactcacccatggtgaacatgcagttccatctgatgctgtggatgtcaagaaa
+agtaaactcaagttggctgactatatcactaaggttttgtcagcattaggattaaactta
+agtaacaaggcagaaacttacagtgatccaatactcagacatgtgttcatgcttaataac
+tatcactacatactcaagtctttaaaaaggtctggggtattagaattaattcacacatgg
+aataaagatgtaggacagttttatgaggaccagatacatgaacaaaaaagactttattcc
+cagagctggagtaaagttctacattttgtactggaaatgaatgagccaatatcccaacaa
+agaatccagcaaatggagacatcaaagataaaggacaaagaaaagcagaatataaaagac
+aagttctctggattcaacaaagagttggaagaaatctcacgtgttcagaaagcatacgcc
+attcctgatccagaactgagggacaatatcaagaaagacaataaagaatatattgtgccg
+cgatacaagcttttcttagaaaaatttcaacggctgaacttcacaaagaattcagaaaaa
+tatatgaaatacactgtaaaggatgtggaagaaacacttgataaatttttcgatacttca
+gcttaa
 ```
-に保存してください。
-下記は２年前のエンリッチメント解析ツールを調査したときに提出していただいたスライド一覧です。
+この配列は、近縁種であるカキのExocyst complex component 7と相同性がありますが、一部のExonが欠損しています。(遺伝子予測が間違っている。)
-http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/document/
+それを調査してみましょう。
+使用するのは、BLASTのblastxコマンドを使ってみてください。
+BLASTの使い方の説明：https://togotv.dbcls.jp/20170606.html
+カキのExocyst complex component 7のアミノ酸配列
+```
+>EKC30356.1 Exocyst complex component 7 [Crassostrea gigas]
+MLTILQSFENRLRKLENTVEPVYNETEMLRRRQENIEKTMVTLDNVLGYYHVGKEVEEFIKEGPHNCGLE
+KYLSIMDRLVQAHNYFNKHNPTSLELTDVIRVYDDGKEALVIEFRTLLGRHCRPVPPVMVLDMISTDEEL
+QGSDDIQLEHLPEKILTELSLISTWLFNNTKNTEYMKDYTRSRSSMLIKSLQGHSFKRRAVITLMQSPFD
+PGNKRQGSHAELPKEENLDVEVDIYITELSALLKLIQSEAQLMSGIIADKHHRSVFDNIIQEGLDSVIKN
+GELLAVNAKKSIAKHDFINVLSVFPVLKHLRSIKPEFDLTLEGCATPTRAKLTSLLSTLGSTAAKALEEF
+ALSIKTDPEKASMPKDGTVHELTNRTIIFLEPLQDYADTAGAMLLLHGEQAAPSEAVDPKKSKMRLADYI
+TKTLSALGLNLTIKAETYSDPTLRPVFMLNNYHYILKSLKRSGLLDLIHTWNKDVGQFYEDRINEQKKLY
+SESWSRVMHYITEVHEPISQQRIQAMENSKLKDKEKQNIKDKFSGFNKELEDILKIQKGYAIPDPELREQ
+MKKDNKDFIIPAFRMFLDKFKRLNFTKNPEKYIKYSVQDVAEVVDKLFDMSA
+```
+さらに、下記のURLからアコヤガイのゲノムをダウンロードして、遺伝子予測で欠損しているExonはどのscaffoldに乗っているか調べてください。fasta.gzファイルを解凍するコマンドは```gzip -d ```です。
+https://marinegenomics.oist.jp/pearl/download/pfu_genome1.0.fasta.gz
+[[2019 blast練習回答例]]