文書の表示以前のリビジョンバックリンク文書の先頭へ この文書は読取専用です。文書のソースを閲覧することは可能ですが、変更はできません。もし変更したい場合は管理者に連絡してください。 ##blast ``` makeblastdb -in dm6.fa -dbtype nucl blastn -outfmt 6 -db dm6.fa -query read.fa #low complexity な配列もヒットさせたり、ナノポアのようにクオリティの低いリードもマッチさせたい場合 blastn -outfmt 6 -num_threads 4 -word_size 10 -dust no -db dm6.fa -query read.fa ``` ##last ``` lastdb dm6.fa dm6.fa lastal -f BlastTab+ dm6.fa read.fa #10回以上のリピートにもヒットさせたくて、初期ヒットの上限を1万個まで上げる場合 lastal -m 10000 -P 4 -f BlastTab+ dm6.fa read.fa ``` ##bwa ``` bwa index dm6.fa bwa mem dm6.fa read.fq ``` ##bowtie2 ``` bowtie2-build dm6.fa dm6.fa bowtie2 -x dm6.fa -U read.fq #ローカルアライメントモードでヒットした箇所全てを出力する場合 bowtie2 -a --local -p 4 -x dm6.fa -U read.fq ``` ##tophat2 ``` bowtie2-build dm6.fa dm6.fa tophat2 dm6.fa read.fq ``` ##hisat2 ``` hisat2-build dm6.fa dm6.fa hisat2 -x dm6.fa -U read.fq ``` ##minimap2 ``` minimap2 -a -x map-ont dm6.fa read.fq ``` ##minialign ``` minialign -xont dm6.fa read.fq ``` 2018mapping例.txt 最終更新: 2019/07/15 02:46by 127.0.0.1