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| vsearch使い方まとめ [2021/11/30 15:11] – 133.11.222.89 | vsearch使い方まとめ [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1 | ||
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| - | vsearch使い方まとめ(for CentOS) | ||
| - | ====== インストール ====== | ||
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| - | wget https:// | ||
| - | tar xzf v2.18.0.tar.gz | ||
| - | cd vsearch-2.18.0 | ||
| - | ./ | ||
| - | ./configure CFLAGS=" | ||
| - | make | ||
| - | sudo make install | ||
| - | | ||
| - | ====== 検索 ====== | ||
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| - | makeblastdbと同様のコマンド | ||
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| - | vsearch -makeudb_usearch db.fasta -output db.udb | ||
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| - | 本検索 | ||
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| - | vsearch --usearch_global input.fasta --db db.fasta(or db.udb) --id [配列一致率] --alnout [出力ファイル名] | ||
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| - | オプション | ||
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| - | ---blastout6 // | ||
| - | ---db // | ||
| - | ---id //real// ：配列一致率による絞り込み。 | ||
| - | ---maxaccepts //positive integer// ：同一クエリに対するヒット結果の出力数上限。デフォルトで1。 | ||
| - | ---maxrejects //positive integer// ：maxacceptsとセットで使い、ヒット数の出力数指定。 | ||
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