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tips [2020/01/20 00:14] – [RNA-seq解析トレーニング コマンドログ（木島）] 133.11.144.10tips [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1
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-====== Linux ====== 
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-[[ファイルを縦に結合]] 
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-[[ファイルを行でマージ]]  
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-[[ファイルのソート]] 
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-[[n行飛ばしてhead]] 
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-[[ファイル名一括置換]] 
- 
-[[改行コードの変換]] 
- 
-[[改行コードの変換/改行の削除]] 
- 
-[[重複削除]] 
- 
-[[中間ファイルを作らずにdiff/join等を実行]] 
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-[[表を見やすく表示]] 
- 
-[[四則演算]] 
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-[[値の集計]] 
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-[[読み込んだファイル1行ずつを対象にループを回す]] 
- 
-[[パスからファイル名を抜き出す]] 
- 
-[[awk/sed/grepの正規表現まとめ]] 
- 
-[[grid engineを用いてコマンドを分散処理する]] 
- 
-[[AWK：配列をソートした状態でforループ]] 
- 
-[[docker]] 
- 
-[[docker内でインストールしたjupyter notebookへのアクセス方法]] 
- 
-[[vimrc(木島のメモ)]] 
- 
-====== 実際の例（スクリプトのメモ） ====== 
- 
-[[フォーマットが崩れたfastaファイルを整形]] 
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-[[oboファイルからのGO関連の複数項目の抽出]] 
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-[[mitofishのアノテーションファイルからCDS領域を抽出]] 
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-[[CDS領域からfastaファイルを作成する]] 
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-[[BLAST結果のidからdbにマッチする行を再検索]] 
- 
-[[WindowsのVirtual box上にCentOS7を導入しpython環境の構築]] 
- 
- 
-====== R ====== 
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-[[csHeatmap]] 
- 
-[[cummeRbundパッケージを用いて描いた図のラベル等を変更する]] 
- 
-[[cummeRbundを用いたexpressionPlotの色を後出しで編集する]] 
- 
-[[比較ゲノム解析トレーニング]] 
- 
-====== Excel ====== 
- 
-[[Excelで正規表現]] 
- 
-====== NGS解析ツール ====== 
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-[[BLASTあれこれ]] 
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-[[fastaファイルをアミノ酸配列に変換]] 
- 
-[[fastaファイルを任意の個数のファイルに分割]] 
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-[[grid engineを用いて並列BLAST]] 
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-[[fastaファイルから欲しい配列のみ抜き出す]] 
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-[[gtfファイルに登録されたLocus情報からcDNAのfastaを作成]] 
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-[[配列中の任意の文字の出現割合を集計]] 
-====== Deep Learning ====== 
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-[[chainerの基本的な使い方]] 
- 
-[[物体検出用ライブラリDetectronの使い方]] 
- 
-[[kerasを使ったCNN]] 
- 
-[[NVIDIA DIGITS]] 
-====== 統合開発環境 ====== 
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-[[Visual Studio Code上でのGitHubの連携]] 
- 
-====== Windows リモートデスクトップ ====== 
- 
-[[該当サーバにRDPでほかの人が接続しているかどうかを調べる]] 
- 
-====== Windows Subsystem for Linux (WSL) ====== 
- 
-[[Ubuntu 18.04インストール後の日本語化など]] 
- 
-[[WSL再起動方法]] 
- 
-[[WSL環境でdockerをインストール]] 
- 
-====== RNA-seq解析トレーニング コマンドログ（木島） ===== 
- 
-[[STAR_RSEM]] 
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-[[RSEMのstrandnessを解除してみるとどうなるか試してみた]] 
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  • 最終更新: 2020/01/20 00:14
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