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| tips [2018/05/30 09:01] – [NGS解析ツール] 157.82.194.14 | tips [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1 | ||
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| - | ====== Linux ====== | ||
| - | [[ファイルを縦に結合]] | ||
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| - | [[ファイルを行でマージ]] | ||
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| - | [[ファイルのソート]] | ||
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| - | [[n行飛ばしてhead]] | ||
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| - | [[ファイル名一括置換]] | ||
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| - | [[改行コードの変換]] | ||
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| - | [[改行コードの変換/ | ||
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| - | [[重複削除]] | ||
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| - | [[中間ファイルを作らずにdiff/ | ||
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| - | [[表を見やすく表示]] | ||
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| - | [[四則演算]] | ||
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| - | [[値の集計]] | ||
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| - | [[パスからファイル名を抜き出す]] | ||
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| - | [[awk/ | ||
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| - | [[grid engineを用いてコマンドを分散処理する]] | ||
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| - | [[AWK：配列をソートした状態でforループ]] | ||
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| - | [[docker]] | ||
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| - | ====== 実際の例（スクリプトのメモ） ====== | ||
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| - | [[フォーマットが崩れたfastaファイルを整形]] | ||
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| - | [[oboファイルからのGO関連の複数項目の抽出]] | ||
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| - | [[mitofishのアノテーションファイルからCDS領域を抽出]] | ||
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| - | [[CDS領域からfastaファイルを作成する]] | ||
| - | ====== R ====== | ||
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| - | [[csHeatmap]] | ||
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| - | [[cummeRbundパッケージを用いて描いた図のラベル等を変更する]] | ||
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| - | [[cummeRbundを用いたexpressionPlotの色を後出しで編集する]] | ||
| - | ====== NGS解析ツール ====== | ||
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| - | [[BLASTあれこれ]] | ||
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| - | [[fastaファイルをアミノ酸配列に変換]] | ||
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| - | [[fastaファイルを任意の個数のファイルに分割]] | ||
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| - | [[grid engineを用いて並列BLAST]] | ||
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| - | [[fastaファイルから欲しい配列のみ抜き出す]] | ||
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| - | [[gtfファイルに登録されたLocus情報からcDNAのfastaを作成]] | ||
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| - | [[配列中の任意の文字の出現割合を集計]] | ||
| - | ====== Deep Learning ====== | ||
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| - | [[chainerの基本的な使い方]] | ||
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| - | [[物体検出用ライブラリDetectronの使い方]] | ||
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| - | [[kerasを使ったCNN]] | ||