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| star_rsem [2019/12/10 06:09] – 133.11.144.10 | star_rsem [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1 | ||
|---|---|---|---|
| 行 1: | 行 1: | ||
| - | ## anaconda install | ||
| - | < | ||
| - | [kijima.yusuke@m48 work]$ pwd | ||
| - | / | ||
| - | [kijima.yusuke@m48 work]$ cd work/ | ||
| - | [kijima.yusuke@m48 work]$ wget https:// | ||
| - | [kijima.yusuke@m48 work]$ chmod +x Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh | ||
| - | [kijima.yusuke@m48 work]$ ./ | ||
| - | [kijima.yusuke@m48 download]$ ./ | ||
| - | |||
| - | Welcome to Anaconda3 2019.10 | ||
| - | |||
| - | In order to continue the installation process, please review the license | ||
| - | agreement. | ||
| - | Please, press ENTER to continue | ||
| - | >>> | ||
| - | =================================== | ||
| - | Anaconda End User License Agreement | ||
| - | =================================== | ||
| - | |||
| - | Copyright 2015, Anaconda, Inc. | ||
| - | |||
| - | All rights reserved under the 3-clause BSD License: | ||
| - | ... | ||
| - | |||
| - | Do you accept the license terms? [yes|no] | ||
| - | [no] >>> | ||
| - | |||
| - | Anaconda3 will now be installed into this location: | ||
| - | / | ||
| - | |||
| - | - Press ENTER to confirm the location | ||
| - | - Press CTRL-C to abort the installation | ||
| - | - Or specify a different location below | ||
| - | |||
| - | [/ | ||
| - | PREFIX=/ | ||
| - | Unpacking payload ... | ||
| - | ... | ||
| - | Thank you for installing Anaconda3! | ||
| - | </ | ||
| - | 一回サーバーから抜ける or bashrcを読み込むことでanaconda環境が完成。ユーザー名の左に(base)の文字が追加される。 | ||
| - | < | ||
| - | (base) [kijima.yusuke@m48 ~]$ | ||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | ## anaconda python3環境の作成 | ||
| - | 一応環境を隔離しておく。 | ||
| - | < | ||
| - | (base) [kijima.yusuke@m48 work]$ conda create -n anac_py37 python=3.7 anaconda | ||
| - | </ | ||
| - | 終わったら環境を起こす。 | ||
| - | < | ||
| - | (base) [kijima.yusuke@m48 work]$ conda activate anac_py37 | ||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ # | ||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | ## 各種ツールインストール | ||
| - | テキスト通り。 | ||
| - | < | ||
| - | # | ||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ conda install -c bioconda trimmomatic | ||
| - | |||
| - | #fastqc | ||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ conda install -c bioconda fastqc | ||
| - | |||
| - | #STAR | ||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ conda install -c bioconda star | ||
| - | |||
| - | #RSEM | ||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ conda install -c bioconda rsem | ||
| - | |||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ rsem-calculate-expression --version | ||
| - | Current version: RSEM v1.3.1 | ||
| - | </ | ||
| - | テキストとは異なり、現在はconda経由でRSEM v1.3(最新)が落とせっるぽい。ばんざい | ||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | ## IGVのインストール | ||
| - | conda installでIGVの最新版が落とせないか一応調べる。 | ||
| - | < | ||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ conda search -c bioconda igv | ||
| - | Loading channels: done | ||
| - | # Name | ||
| - | igv | ||
| - | igv 2.4.6 | ||
| - | igv 2.4.9 | ||
| - | igv 2.4.9 | ||
| - | igv | ||
| - | igv | ||
| - | igv 2.5.2 | ||
| - | </ | ||
| - | 最新版の2.6.1はbiocondaにはないっぽい。テキスト通りバイナリを落とす。 | ||
| - | < | ||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ mkdir rnaseq-training | ||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ cd rnaseq-training | ||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ mkdir tool | ||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ cd tool | ||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 tool]$ wget https:// | ||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 tool]$ unzip IGV_Linux_2.7.2.zip | ||
| - | </ | ||
| - | 最新が今(2019/ | ||
| - | |||
| - | ## リファレンスのダウンロード | ||
| - | < | ||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 tool]$ cd ~/ | ||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ mkdir human | ||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ mkdir human/ref | ||
| - | |||
| - | #Genome | ||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ wget -P ~/ | ||
| - | |||
| - | #Annotation | ||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ wget -P ~/ | ||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | ## シーケンスデータのダウンロード | ||
| - | URLのリストを作成。ここはテキストにないので好きにすると良い。逐次ダウンロードでも可。 | ||
| - | < | ||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ for i in $(seq 1 6); do for j in $(seq 1 2); do echo " | ||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ cat ~/ | ||
| - | ftp:// | ||
| - | ftp:// | ||
| - | ftp:// | ||
| - | ftp:// | ||
| - | ftp:// | ||
| - | ftp:// | ||
| - | ftp:// | ||
| - | ftp:// | ||
| - | ftp:// | ||
| - | ftp:// | ||
| - | ftp:// | ||
| - | ftp:// | ||
| - | </ | ||
| - | wgetでダウンロード。アクセス切れたら中断されてしまうのでscreen使うなりリモートデスクトップにつなぐなりする。回線に絶対の自信があるなら何も考えなくても良い。それからforループで外部に連続的にアクセスするのはあまりよろしくないのでsleepを挟む。 | ||
| - | < | ||
| - | (base) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ for i in $(cat ~/ | ||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | 後々のためアクセッションIDのリストを作成。 | ||
| - | < | ||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ mkdir human/data | ||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ for i in SRR718955{1..6}; | ||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ cat human/ | ||
| - | SRR7189551 | ||
| - | SRR7189552 | ||
| - | SRR7189553 | ||
| - | SRR7189554 | ||
| - | SRR7189555 | ||
| - | SRR7189556 | ||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | ## | ||
| - | テキスト通りanaconda3/ | ||
| - | < | ||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ find / | ||
| - | / | ||
| - | / | ||
| - | / | ||
| - | / | ||
| - | / | ||
| - | / | ||
| - | / | ||
| - | / | ||
| - | / | ||
| - | / | ||
| - | / | ||
| - | / | ||
| - | / | ||
| - | / | ||
| - | / | ||
| - | / | ||
| - | / | ||
| - | </ | ||
| - | / | ||
| - | < | ||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ ln -s / | ||
| - | |||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ ls human/data/ | ||
| - | SRR_Acc_list.txt | ||
| - | </ | ||
| - | Trimmomaticを実行。 | ||
| - | < | ||
| - | (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 data]$ for id in `cat SRR_Acc_list.txt`; | ||
| - | </ | ||