このページの2つのバージョン間の差分を表示します。
| 次のリビジョン | 前のリビジョン |
| sraデータダウンロード [2021/06/04 10:37] – 作成 118.240.79.152 | sraデータダウンロード [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1 |
|---|
| # MiFishデータの検索 | |
| |
| http://sra.dbcls.jp/result.html?target_db=sra&term=mifish&rows=25&sort=Updated&order=desc | |
| |
| でヒットしたプロジェクトについて、https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sraで、「SRP286684 or DRP006505 or DRP006495 or DRP006192 or SRP267202 or SRP259710 or DRP004174 or DRP003415 or DRP005037 or SRP187190 or DRP004525 or DRP004492 or DRP004089 or SRP113732 or DRP003662 or SRP072060 」などとやって検索。結果をSend to: →Accession ListでSRR, DRRなどの番号を保存。 | |
| |
| ``` | |
| id=DRR125636; curl https://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/`curl "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=$id"|grep SAM|sed 's/SAM/\nSAM/g;'|sed 's/".*//; s/<.*//; s/ .*//'|grep "^SAM"|head -n 1`|grep -i lat|grep -i long | |
| ``` | |
| |
| とやると、経度緯度を抜き出せそう。 | |
| |