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| singularityのインストールからイメージの作成まで [2022/03/23 11:15] – 133.11.144.12 | singularityのインストールからイメージの作成まで [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1 |
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| ====== Singularityのインストールからイメージの作成 ====== | |
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| ==== Dockerコンテナの作成 ==== | |
| * centos7 のimageをPull ''sudo docker pull centos:centos7'' | |
| * CentOS7コンテナにインタラクティブモードで接続。(HTMLファイルをパースするスクリプトがあるディレクトリをマウント) ''sudo docker run -it -v $PWD:$PWD -w $PWD --name srr\_parse baae83af349f bash'' | |
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| * コンテナ内でこのサイト [[https://qiita.com/witchcraze/items/592483c7625e881d771f]] に従い、Python3をインストール | |
| * コンテナ内でスクリプトファイルを ''/home/script'' 以下に移動 | |
| * コンテナをExit | |
| * 先程のコンテナからイメージを作成 ''sudo docker commit srr\_parse_3 srr\_parse\_image:ver2'' | |
| * 作成したイメージでコンテナを起動。無事にHTMLファイルがカレントディレクトリに作成されることを確認 ''sudo docker run -v $PWD:$PWD srr\_parse\_image:ver2 python3 /home/script/srr\_parse.py $PWD/test.result '' | |
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| ==== Singularityのインストール ==== | |
| * 必要なパッケージをインストール | |
| '' sudo apt-get update && sudo apt-get install -y \ | |
| build-essential \ | |
| libssl-dev \ | |
| uuid-dev \ | |
| libgpgme11-dev \ | |
| squashfs-tools \ | |
| libseccomp-dev \ | |
| wget \ | |
| pkg-config \ | |
| git \ | |
| cryptsetup'' | |
| * Goをインストールする | |
| ''export VERSION=1.13.5 OS=linux ARCH=amd64 && wget https://dl.google.com/go/go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz && sudo tar -C /usr/local -xzvf go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz && rm go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz '' | |
| * 環境変数を設定 | |
| ''echo 'export GOPATH=${HOME}/go' >> ~/.bashrc && \ echo 'export PATH=/usr/local/go/bin:${PATH}:${GOPATH}/bin' >> ~/.bashrc && \ source ~/.bashrc'' | |
| * Goへのpathを設定する | |
| ''echo 'export PATH=/usr/local/go/bin:$PATH' >> ~/.bashrc && source ~/.bashrc'' | |
| * Singularityをダウンロード | |
| ''export SVERSION=3.5.2 && wget https://github.com/sylabs/singularity/releases/download/v${SVERSION}/singularity-${SVERSION}.tar.gz && tar -xzf singularity-${SVERSION}.tar.gz && cd singularity'' | |
| * Singularity ソースコードをコンパイル | |
| ''./mconfig && make -C builddir && sudo make -C builddir install'' | |
| * 起動を確認 | |
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| ''singularity help '' | |
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| ==== Singularityイメージの作成 ==== | |
| * DockerイメージからSingularityイメージへの変換[[https://qiita.com/kawazu191128/items/0eda32f43c42135cc35d]] | |
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| sudo singularity build srr\_parse\_ver2.sif docker-daemon://srr\_parse\_image:ver2 | |
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| * Singularityコンテナを起動(学生実験用linuxで起動を確認)[[https://rnakato.hatenablog.jp/entry/2019/08/23/144656]] | |
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| singularity exec --bind $PWD:$PWD ~/create_container/srr_parse_ver2.sif python /home/script/srr_parse.py $PWD/test.result | |
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| * m50v251n3サーバでコンテナ実行（アウトプットのHTMLファイルの生成を確認） | |
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| singularity exec --bind $PWD:$PWD ~/Ito/singularity/srr_parse_ver2.sif python /home/script/srr_parse.py $PWD/6466df780f945d590977b30db60d6d56.gz.result | |
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