singularityのインストールからイメージの作成まで [講義ノート]

singularityのインストールからイメージの作成まで

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-====== Singularityのインストールからイメージの作成 ======
-==== Dockerコンテナの作成 ====
-  * centos7 のimageをPull ''sudo docker pull centos:centos7''
-  * CentOS7コンテナにインタラクティブモードで接続。(HTMLファイルをパースするスクリプトがあるディレクトリをマウント) ''sudo docker run -it -v $PWD:$PWD -w $PWD --name srr\_parse baae83af349f bash''
-  * コンテナ内でこのサイト [[https://qiita.com/witchcraze/items/592483c7625e881d771f]] に従い、Python3をインストール
-  * コンテナ内でスクリプトファイルを ''/home/script'' 以下に移動
-  * コンテナをExit
-  * 先程のコンテナからイメージを作成 ''sudo docker commit srr\_parse_3 srr\_parse\_image:ver2''
-  * 作成したイメージでコンテナを起動。無事にHTMLファイルがカレントディレクトリに作成されることを確認 ''sudo docker run -v $PWD:$PWD srr\_parse\_image:ver2 python3 /home/script/srr\_parse.py $PWD/test.result ''
-==== Singularityのインストール ====
-  * 必要なパッケージをインストール
-'' sudo apt-get update && sudo apt-get install -y \
-    build-essential \
-    libssl-dev \
-    uuid-dev \
-    libgpgme11-dev \
-    squashfs-tools \
-    libseccomp-dev \
-    wget \
-    pkg-config \
-    git \
-    cryptsetup''
-  * Goをインストールする
-''export VERSION=1.13.5 OS=linux ARCH=amd64 && wget https://dl.google.com/go/go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz && sudo tar -C /usr/local -xzvf go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz && rm go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz ''
-  * Goへのpathを設定する
-''echo 'export PATH=/usr/local/go/bin:$PATH' >> ~/.bashrc &&   source ~/.bashrc''
-  * Singularityをダウンロード
-''export SVERSION=3.5.2 && wget https://github.com/sylabs/singularity/releases/download/v${SVERSION}/singularity-${SVERSION}.tar.gz && tar -xzf singularity-${SVERSION}.tar.gz && cd singularity''
-  * Singularity ソースコードをコンパイル
-''./mconfig && make -C builddir && sudo make -C builddir install''
-  * 起動を確認
-''singularity help ''
-==== Singularityイメージの作成 ====
-  * DockerイメージからSingularityイメージへの変換[[https://qiita.com/kawazu191128/items/0eda32f43c42135cc35d]]
-  sudo singularity build srr\_parse\_ver2.sif docker-daemon://srr\_parse\_image:ver2
-  * Singularityコンテナを起動(学生実験用linuxで起動を確認)[[https://rnakato.hatenablog.jp/entry/2019/08/23/144656]]
-  singularity exec --bind $PWD:$PWD  ~/create_container/srr_parse_ver2.sif  python /home/script/srr_parse.py $PWD/test.result
-  * m50v251n3サーバでコンテナ実行（アウトプットのHTMLファイルの生成を確認）
-  singularity exec --bind $PWD:$PWD  ~/Ito/singularity/srr_parse_ver2.sif  python /home/script/srr_parse.py $PWD/6466df780f945d590977b30db60d6d56.gz.result

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最終更新: 2021/05/31 07:15
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