rna-seq入門_2023

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 ```podman run --rm -v `pwd`:`pwd` trinityrnaseq/trinityrnaseq Trinity``` ```podman run --rm -v `pwd`:`pwd` trinityrnaseq/trinityrnaseq Trinity```
- 
 # 本の内容修正項目 # 本の内容修正項目
  
 +## SRA tools (prefetch, fastq-dump)
 +
 +```
 +conda install -c bioconda sra-tools
 +```
 +
 +でインストールされるバージョンは古いので、
 +
 +```
 +brew install sratoolkit
 +```
 +
 +を使う。
 +## fastq_screen
 +
 +```
 +conda install -c bioconda fastq-screen
 +```
 +
 +ではデータベースなどがインストールされないので、別途インストールする必要がある。
 +
 +Bowtie2のインデックスが次のページにあるので、例えばその中から適当なものを拾ってくる
 +
 +https://benlangmead.github.io/aws-indexes/bowtie
 +
 +```
 +#ヒトやシロイヌナヅナ、ゼブラフィッシュなどを登録する場合の例
 +mkdir db
 +cd db
 +wget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/bt/WBcel235.zip
 +wget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/bt/BDGP6.zip
 +wget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/bt/R64-1-1.zip
 +wget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/bt/TAIR10.zip
 +wget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/bt/GRCz11.zip
 +wget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/bt/GRCh38_noalt_as.zip
 +for i in *.zip; do unzip $i; done
 +
 +(echo "BOWTIE2 `which bowtie2`
 +THREADS         8"
 +for i in $PWD/*/*.rev.1.bt2; do echo DATABASE `basename $i .rev.1.bt2` `echo $i|sed 's/.rev.1.bt2$//'`; done) > $(realpath `which fastq_screen`).conf
 +
 +cd ..
 +```
 +
 +## wasabi
 +
 +まずRをどうやってインストールするかについては、Ubuntuの場合はターミナルで下記を実行してシステムライブラリーをインストールします。
 +
 +```
 +sudo apt install r-base
 +sudo apt install libssl-dev libfontconfig1-dev libcurl4-openssl-dev libharfbuzz-dev libfribidi-dev libfreetype6-dev libpng-dev libtiff5-dev libjpeg-dev
 +```
 +
 +そして、Rを実行して、Rのライブラリーをインストールします。
 +
 +```
 +R
 +install.packages("devtools", repos="http://cran.r-project.org")
 +
 +install.packages("BiocManager")
 +BiocManager::install("rhdf5")
 +
 +devtools::install_github("COMBINE-lab/wasabi")
 +```
 +
 +## kallisto
 +
 +普通にconda installしていれば大丈夫なのだけど、
 +
 +```
 +conda create -c bioconda -c conda-forge -n kallisto-env kallisto
 +```
 +
 +とconda-forgeも使うようにしてしまっていると、古めのCPUだとコアダンプするバイナリがインストールされてしまうので注意。(-c conda-forgeをつけなければOK)
  • rna-seq入門_2023.1700650924.txt.gz
  • 最終更新: 2023/11/22 11:02
  • by suikou