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rna-seq入門_2023 [2023/11/22 07:42] – suikou | rna-seq入門_2023 [2023/11/24 18:17] (現在) – suikou | ||
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行 3: | 行 3: | ||
## Windowsの人 | ## Windowsの人 | ||
- | 1. ターミナルを開いて`wsl --install` | + | 1. ターミナルを開いて`wsl --install` |
2.condaのインストール | 2.condaのインストール | ||
行 224: | 行 224: | ||
```podman run --rm -v `pwd`:`pwd` trinityrnaseq/ | ```podman run --rm -v `pwd`:`pwd` trinityrnaseq/ | ||
+ | # 本の内容修正項目 | ||
+ | ## SRA tools (prefetch, fastq-dump) | ||
+ | ``` | ||
+ | conda install -c bioconda sra-tools | ||
+ | ``` | ||
+ | |||
+ | でインストールされるバージョンは古いので、 | ||
+ | |||
+ | ``` | ||
+ | brew install sratoolkit | ||
+ | ``` | ||
+ | |||
+ | を使う。 | ||
+ | ## fastq_screen | ||
+ | |||
+ | ``` | ||
+ | conda install -c bioconda fastq-screen | ||
+ | ``` | ||
+ | |||
+ | ではデータベースなどがインストールされないので、別途インストールする必要がある。 | ||
+ | |||
+ | Bowtie2のインデックスが次のページにあるので、例えばその中から適当なものを拾ってくる | ||
+ | |||
+ | https:// | ||
+ | |||
+ | ``` | ||
+ | # | ||
+ | mkdir db | ||
+ | cd db | ||
+ | wget https:// | ||
+ | wget https:// | ||
+ | wget https:// | ||
+ | wget https:// | ||
+ | wget https:// | ||
+ | wget https:// | ||
+ | for i in *.zip; do unzip $i; done | ||
+ | |||
+ | (echo " | ||
+ | THREADS | ||
+ | for i in $PWD/ | ||
+ | |||
+ | cd .. | ||
+ | ``` | ||
+ | |||
+ | ## wasabi | ||
+ | |||
+ | まずRをどうやってインストールするかについては、Ubuntuの場合はターミナルで下記を実行してシステムライブラリーをインストールします。 | ||
+ | |||
+ | ``` | ||
+ | sudo apt install r-base | ||
+ | sudo apt install libssl-dev libfontconfig1-dev libcurl4-openssl-dev libharfbuzz-dev libfribidi-dev libfreetype6-dev libpng-dev libtiff5-dev libjpeg-dev | ||
+ | ``` | ||
+ | |||
+ | そして、Rを実行して、Rのライブラリーをインストールします。 | ||
+ | |||
+ | ``` | ||
+ | R | ||
+ | install.packages(" | ||
+ | |||
+ | install.packages(" | ||
+ | BiocManager:: | ||
+ | |||
+ | devtools:: | ||
+ | ``` | ||
+ | |||
+ | ## kallisto | ||
+ | |||
+ | 普通にconda installしていれば大丈夫なのだけど、 | ||
+ | |||
+ | ``` | ||
+ | conda create -c bioconda -c conda-forge -n kallisto-env kallisto | ||
+ | ``` | ||
+ | |||
+ | とconda-forgeも使うようにしてしまっていると、古めのCPUだとコアダンプするバイナリがインストールされてしまうので注意。(-c conda-forgeをつけなければOK) |