rna-seq入門_2023

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rna-seq入門_2023 [2023/11/06 17:36] – suikourna-seq入門_2023 [2023/11/24 18:17] (現在) – suikou
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 ## Windowsの人 ## Windowsの人
  
-1． ターミナルを開いて`wsl --install`+1． ターミナルを開いて`wsl --install` （初回インストール時は再起動が必要）
  
 2．condaのインストール 2．condaのインストール
行 74: 行 74:
 ``` ```
 brew install podman brew install podman
-#podmanの仮想マシンをダウンロード。cpu数、メモリー量は各自のPCに合わせて。volumeは実際に解析するときに使用するフォルダーの絶対パスを指定しておく。+#podmanの仮想マシンをダウンロード。cpu数、メモリー量は各自のPCに合わせて。volumeは実際に解析するときに使用するフォルダーの絶対パスを指定しておく。（下記はCPU数4、メモリー4GBで、現在のフォルダで解析を行う場合の例）
 podman machine init --cpus 4 --memory 4096 --volume "$PWD:$PWD" podman machine init --cpus 4 --memory 4096 --volume "$PWD:$PWD"
 #podmanの仮想マシンをスタート（OS再起動時は毎回行う) #podmanの仮想マシンをスタート（OS再起動時は毎回行う)
 podman machine start podman machine start
  
-#もし後からCPUやメモリー量、podmanで使いたいフォルダーを変更・追加するときは+#もし後からCPUやメモリー量、podmanで使いたいフォルダーを変更・追加するときは、下記のCPUやメモリー、マウントボリュームのパラメータを変更する
 podman machine stop podman machine stop
 podman machine set --cpus 4 --memory 4096 --volume "$PWD:$PWD" podman machine set --cpus 4 --memory 4096 --volume "$PWD:$PWD"
行 114: 行 114:
 ``` ```
 brew install podman brew install podman
-#podmanの仮想マシンをダウンロード。cpu数、メモリー量は各自のPCに合わせて。volumeは実際に解析するときに使用するフォルダーの絶対パスを指定しておく。+#podmanの仮想マシンをダウンロード。cpu数、メモリー量は各自のPCに合わせて。volumeは実際に解析するときに使用するフォルダーの絶対パスを指定しておく。（下記はCPU数4、メモリー4GBで、現在のフォルダで解析を行う場合の例）
 podman machine init --cpus 4 --memory 4096 --volume "$PWD:$PWD" podman machine init --cpus 4 --memory 4096 --volume "$PWD:$PWD"
 #podmanの仮想マシンをスタート（OS再起動時は毎回行う) #podmanの仮想マシンをスタート（OS再起動時は毎回行う)
 podman machine start podman machine start
  
-#もし後からCPUやメモリー量、podmanで使いたいフォルダーを変更・追加するときは+#もし後からCPUやメモリー量、podmanで使いたいフォルダーを変更・追加するときは、下記のCPUやメモリー、マウントボリュームのパラメータを変更する
 podman machine stop podman machine stop
 podman machine set --cpus 4 --memory 4096 --volume "$PWD:$PWD" podman machine set --cpus 4 --memory 4096 --volume "$PWD:$PWD"
行 136: 行 136:
 研究室のサーバには予めcondaとpodmanがインストールされています。brewは研究室のサーバでは使用することが出来ません。もしbrewでしかインストール出来ないツールをソースコードからインストールすることが出来ない場合は吉武まで連絡してください。 研究室のサーバには予めcondaとpodmanがインストールされています。brewは研究室のサーバでは使用することが出来ません。もしbrewでしかインストール出来ないツールをソースコードからインストールすることが出来ない場合は吉武まで連絡してください。
  
-解析サーバのcondaではデフォルトのbase環境にはツールをインストールすることが出来ないため、各章の初めに+研究室のサーバでは、condaコマンドよりも高速なmambaをインストールしているので、conda installが遅いと感じた場合は、mamba installを使ってください。(mambaはcreateとinstallは実行できますが、mamba activateはできないのでconda activateを使ってください。) 
 + 
 +# 各章の始めに 
 + 
 +各章の最初のconda installコマンドを下記のように変更しておくと競合が発生しづらい。 
 + 
 +例：Chapter3-1の```conda install -c bioconda fastp```の場合
  
 ``` ```
-conda create -n chapter3_1 python=3.9 +conda create -n chapt3-1 -c bioconda fastp 
-conda activate chapter3_1+conda activate chapt3-1
 ``` ```
  
-として```chapter3_1```環境などを作ってからconda installでツールをインストールしてください。また、condaコマンドよりも高速なmambaをインストールしているので、conda installが遅いと感じた場合は、mamba installを使ってください。(mambaはcreateとinstallは実行できますが、mamba activateはconda activateを使ってください。)+解析を途中で止めて再度ターミナルを開いたときは、`conda activate chapt3-1`として環境を呼び出す必要があるので注意。
  
 # ツールのインストール # ツールのインストール
行 218: 行 224:
  
 ```podman run --rm -v `pwd`:`pwd` trinityrnaseq/trinityrnaseq Trinity``` ```podman run --rm -v `pwd`:`pwd` trinityrnaseq/trinityrnaseq Trinity```
 +# 本の内容修正項目
 +
 +## SRA tools (prefetch, fastq-dump)
 +
 +```
 +conda install -c bioconda sra-tools
 +```
 +
 +でインストールされるバージョンは古いので、
 +
 +```
 +brew install sratoolkit
 +```
 +
 +を使う。
 +## fastq_screen
 +
 +```
 +conda install -c bioconda fastq-screen
 +```
 +
 +ではデータベースなどがインストールされないので、別途インストールする必要がある。
 +
 +Bowtie2のインデックスが次のページにあるので、例えばその中から適当なものを拾ってくる
 +
 +https://benlangmead.github.io/aws-indexes/bowtie
 +
 +```
 +#ヒトやシロイヌナヅナ、ゼブラフィッシュなどを登録する場合の例
 +mkdir db
 +cd db
 +wget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/bt/WBcel235.zip
 +wget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/bt/BDGP6.zip
 +wget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/bt/R64-1-1.zip
 +wget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/bt/TAIR10.zip
 +wget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/bt/GRCz11.zip
 +wget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/bt/GRCh38_noalt_as.zip
 +for i in *.zip; do unzip $i; done
 +
 +(echo "BOWTIE2 `which bowtie2`
 +THREADS         8"
 +for i in $PWD/*/*.rev.1.bt2; do echo DATABASE `basename $i .rev.1.bt2` `echo $i|sed 's/.rev.1.bt2$//'`; done) > $(realpath `which fastq_screen`).conf
 +
 +cd ..
 +```
 +
 +## wasabi
 +
 +まずRをどうやってインストールするかについては、Ubuntuの場合はターミナルで下記を実行してシステムライブラリーをインストールします。
 +
 +```
 +sudo apt install r-base
 +sudo apt install libssl-dev libfontconfig1-dev libcurl4-openssl-dev libharfbuzz-dev libfribidi-dev libfreetype6-dev libpng-dev libtiff5-dev libjpeg-dev
 +```
 +
 +そして、Rを実行して、Rのライブラリーをインストールします。
 +
 +```
 +R
 +install.packages("devtools", repos="http://cran.r-project.org")
 +
 +install.packages("BiocManager")
 +BiocManager::install("rhdf5")
 +
 +devtools::install_github("COMBINE-lab/wasabi")
 +```
 +
 +## kallisto
 +
 +普通にconda installしていれば大丈夫なのだけど、
 +
 +```
 +conda create -c bioconda -c conda-forge -n kallisto-env kallisto
 +```
 +
 +とconda-forgeも使うようにしてしまっていると、古めのCPUだとコアダンプするバイナリがインストールされてしまうので注意。(-c conda-forgeをつけなければOK)
  • rna-seq入門_2023.1699292209.txt.gz
  • 最終更新: 2023/11/06 17:36
  • by suikou