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rna-seq入門_2023 [2023/11/06 09:12] – suikou | rna-seq入門_2023 [2023/11/24 18:17] (現在) – suikou | ||
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行 3: | 行 3: | ||
## Windowsの人 | ## Windowsの人 | ||
- | 1. ターミナルを開いて`wsl --install` | + | 1. ターミナルを開いて`wsl --install` |
2.condaのインストール | 2.condaのインストール | ||
行 35: | 行 35: | ||
``` | ``` | ||
brew install podman | brew install podman | ||
+ | |||
+ | brew services start podman | ||
# | # | ||
行 72: | 行 74: | ||
``` | ``` | ||
brew install podman | brew install podman | ||
- | # | + | # |
podman machine init --cpus 4 --memory 4096 --volume " | podman machine init --cpus 4 --memory 4096 --volume " | ||
# | # | ||
podman machine start | podman machine start | ||
- | # | + | # |
podman machine stop | podman machine stop | ||
podman machine set --cpus 4 --memory 4096 --volume " | podman machine set --cpus 4 --memory 4096 --volume " | ||
行 112: | 行 114: | ||
``` | ``` | ||
brew install podman | brew install podman | ||
- | # | + | # |
podman machine init --cpus 4 --memory 4096 --volume " | podman machine init --cpus 4 --memory 4096 --volume " | ||
# | # | ||
podman machine start | podman machine start | ||
- | # | + | # |
podman machine stop | podman machine stop | ||
podman machine set --cpus 4 --memory 4096 --volume " | podman machine set --cpus 4 --memory 4096 --volume " | ||
行 134: | 行 136: | ||
研究室のサーバには予めcondaとpodmanがインストールされています。brewは研究室のサーバでは使用することが出来ません。もしbrewでしかインストール出来ないツールをソースコードからインストールすることが出来ない場合は吉武まで連絡してください。 | 研究室のサーバには予めcondaとpodmanがインストールされています。brewは研究室のサーバでは使用することが出来ません。もしbrewでしかインストール出来ないツールをソースコードからインストールすることが出来ない場合は吉武まで連絡してください。 | ||
- | 解析サーバのcondaではデフォルトのbase環境にはツールをインストールすることが出来ないため、各章の初めに | + | 研究室のサーバでは、condaコマンドよりも高速なmambaをインストールしているので、conda installが遅いと感じた場合は、mamba installを使ってください。(mambaはcreateとinstallは実行できますが、mamba activateはできないのでconda activateを使ってください。) |
+ | |||
+ | # 各章の始めに | ||
+ | |||
+ | 各章の最初のconda installコマンドを下記のように変更しておくと競合が発生しづらい。 | ||
+ | |||
+ | 例:Chapter3-1の```conda install -c bioconda fastp```の場合 | ||
``` | ``` | ||
- | conda create -n chapter3_1 python=3.9 | + | conda create -n chapt3-1 -c bioconda fastp |
- | conda activate | + | conda activate |
``` | ``` | ||
- | として```chapter3_1```環境などを作ってからconda installでツールをインストールしてください。また、condaコマンドよりも高速なmambaをインストールしているので、conda installが遅いと感じた場合は、mamba installを使ってください。(mambaはcreateとinstallは実行できますが、mamba activateはconda activateを使ってください。) | + | 解析を途中で止めて再度ターミナルを開いたときは、`conda activate chapt3-1`として環境を呼び出す必要があるので注意。 |
# ツールのインストール | # ツールのインストール | ||
行 216: | 行 224: | ||
```podman run --rm -v `pwd`:`pwd` trinityrnaseq/ | ```podman run --rm -v `pwd`:`pwd` trinityrnaseq/ | ||
+ | # 本の内容修正項目 | ||
+ | |||
+ | ## SRA tools (prefetch, fastq-dump) | ||
+ | |||
+ | ``` | ||
+ | conda install -c bioconda sra-tools | ||
+ | ``` | ||
+ | |||
+ | でインストールされるバージョンは古いので、 | ||
+ | |||
+ | ``` | ||
+ | brew install sratoolkit | ||
+ | ``` | ||
+ | |||
+ | を使う。 | ||
+ | ## fastq_screen | ||
+ | |||
+ | ``` | ||
+ | conda install -c bioconda fastq-screen | ||
+ | ``` | ||
+ | |||
+ | ではデータベースなどがインストールされないので、別途インストールする必要がある。 | ||
+ | |||
+ | Bowtie2のインデックスが次のページにあるので、例えばその中から適当なものを拾ってくる | ||
+ | |||
+ | https:// | ||
+ | |||
+ | ``` | ||
+ | # | ||
+ | mkdir db | ||
+ | cd db | ||
+ | wget https:// | ||
+ | wget https:// | ||
+ | wget https:// | ||
+ | wget https:// | ||
+ | wget https:// | ||
+ | wget https:// | ||
+ | for i in *.zip; do unzip $i; done | ||
+ | |||
+ | (echo " | ||
+ | THREADS | ||
+ | for i in $PWD/ | ||
+ | |||
+ | cd .. | ||
+ | ``` | ||
+ | |||
+ | ## wasabi | ||
+ | |||
+ | まずRをどうやってインストールするかについては、Ubuntuの場合はターミナルで下記を実行してシステムライブラリーをインストールします。 | ||
+ | |||
+ | ``` | ||
+ | sudo apt install r-base | ||
+ | sudo apt install libssl-dev libfontconfig1-dev libcurl4-openssl-dev libharfbuzz-dev libfribidi-dev libfreetype6-dev libpng-dev libtiff5-dev libjpeg-dev | ||
+ | ``` | ||
+ | |||
+ | そして、Rを実行して、Rのライブラリーをインストールします。 | ||
+ | |||
+ | ``` | ||
+ | R | ||
+ | install.packages(" | ||
+ | |||
+ | install.packages(" | ||
+ | BiocManager:: | ||
+ | |||
+ | devtools:: | ||
+ | ``` | ||
+ | |||
+ | ## kallisto | ||
+ | |||
+ | 普通にconda installしていれば大丈夫なのだけど、 | ||
+ | |||
+ | ``` | ||
+ | conda create -c bioconda -c conda-forge -n kallisto-env kallisto | ||
+ | ``` | ||
+ | |||
+ | とconda-forgeも使うようにしてしまっていると、古めのCPUだとコアダンプするバイナリがインストールされてしまうので注意。(-c conda-forgeをつけなければOK) |