rna-seq入門_2023

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rna-seq入門_2023 [2023/10/24 15:56] – suikourna-seq入門_2023 [2023/11/24 18:17] (現在) – suikou
行 3: 行 3:
 ## Windowsの人 ## Windowsの人
  
-1． ターミナルを開いてwsl --install+1． ターミナルを開いて`wsl --install` （初回インストール時は再起動が必要）
  
-2．Homebrew for Linuxのインストール+2．condaのインストール 
 + 
 +``` 
 +wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
 +bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
 +#最後にPATHに追加するかと聞かれるのでyesにしておく 
 +``` 
 + 
 +3．Homebrew for Linuxのインストール
  
 ``` ```
 /bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)" /bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"
 #PATHへbrewコマンドを追加 #環境によって変わるのでbrewをインストールしたときに最後に出てくるメッセージをちゃんと読んでおく #PATHへbrewコマンドを追加 #環境によって変わるのでbrewをインストールしたときに最後に出てくるメッセージをちゃんと読んでおく
-(echo; echo 'eval "$(/home/linuxbrew/.linuxbrew/bin/brew shellenv)"') >> /home/yoshitake/.bashrc+(echo; echo 'eval "$(/home/linuxbrew/.linuxbrew/bin/brew shellenv)"') >> $HOME/.bashrc
 eval "$(/home/linuxbrew/.linuxbrew/bin/brew shellenv)" eval "$(/home/linuxbrew/.linuxbrew/bin/brew shellenv)"
          
行 17: 行 25:
 sudo apt install build-essential sudo apt install build-essential
 brew install gcc brew install gcc
- 
 ``` ```
  
-3．condaのインストール+condaよりもbrewを後でインストールすることで、brewでインストールしたPATHのほうを優先するように設定する。(```more $HOME/.bashrc```で開いたファイルに、condaよりも後に```eval "$(/home/linuxbrew/.linuxbrew/bin/brew shellenv)"```が出てくれば大丈夫)
  
-``` +4．Dockerの代わりにPodmanのインストール
-wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh +
-bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh +
-#最後にPATHに追加するかと聞かれるのでyesにしておく +
-```+
  
-4．Docker (ではなくてPodman)のインストール+本の中でdockerと書かれている箇所は全てdocker->podmanと変更すればOK
  
 ``` ```
 brew install podman brew install podman
 +
 +brew services start podman
  
 #この状態でpodman pull alpineしてもError: command required for rootless mode with multiple IDs: exec: "newuidmap": executable file not found in $PATHと出るので、下記のツールをインストールしておく #この状態でpodman pull alpineしてもError: command required for rootless mode with multiple IDs: exec: "newuidmap": executable file not found in $PATHと出るので、下記のツールをインストールしておく
行 43: 行 48:
 ## Mac (intel)の人 ## Mac (intel)の人
  
-1．Homebrew for Macのインストール+比較的新しいOSのバージョンまでアップデートしておかないと使えないツールが出てくる。Xcodeの最新版をインストール出来るかどうかが肝だと思われる。 
 + 
 +1．condaのインストール 
 + 
 +``` 
 +wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh 
 +bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh 
 +``` 
 + 
 +2．Homebrew for Macのインストール
  
 ``` ```
 /bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)" /bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"
 #PATHへbrewコマンドを追加 #環境によって変わるのでbrewをインストールしたときに最後に出てくるメッセージをちゃんと読んでおく #PATHへbrewコマンドを追加 #環境によって変わるのでbrewをインストールしたときに最後に出てくるメッセージをちゃんと読んでおく
-(echo; echo 'eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"') >> /Users/suikou/.zprofile+(echo; echo 'eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"') >> $HOME/.zshrc
 eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)" eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"
 ``` ```
  
-2．condaのインストール+condaよりもbrewを後でインストールすることで、brewでインストールしたPATHのほうを優先するように設定する。(```more $HOME/.zshrc```で開いたファイルに、condaよりも後に```eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"```が出てくれば大丈夫)
  
-``` +3．Dockerの代わりにPodmanのインストール
-wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh +
-bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh +
-```+
  
-3．Docker (ではなくてPodman)のインストール+本の中でdockerと書かれている箇所は全てdocker->podmanと変更すればOK
  
 ``` ```
 brew install podman brew install podman
-#podmanの仮想マシンをダウンロード +#podmanの仮想マシンをダウンロード。cpu数、メモリー量は各自のPCに合わせて。volumeは実際に解析するときに使用するフォルダーの絶対パスを指定しておく。（下記はCPU数4、メモリー4GBで、現在のフォルダで解析を行う場合の例） 
-podman machine init+podman machine init --cpus 4 --memory 4096 --volume "$PWD:$PWD"
 #podmanの仮想マシンをスタート（OS再起動時は毎回行う) #podmanの仮想マシンをスタート（OS再起動時は毎回行う)
 +podman machine start
 +
 +#もし後からCPUやメモリー量、podmanで使いたいフォルダーを変更・追加するときは、下記のCPUやメモリー、マウントボリュームのパラメータを変更する
 +podman machine stop
 +podman machine set --cpus 4 --memory 4096 --volume "$PWD:$PWD"
 podman machine start podman machine start
 ``` ```
行 71: 行 87:
 ## Mac (M1以降)の人 (2020年後半以降のMac) ## Mac (M1以降)の人 (2020年後半以降のMac)
  
-1．Homebrew for Macのインストール+1．condaのインストール 
 + 
 +`x86_64でインストールするのが大事。armでインストールしてしまうと、condaにはほとんどパッケージがない` 
 + 
 +``` 
 +wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh 
 +arch -x86_64 /bin/bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh #arch -x86_64で実行するのを忘れずに！ 
 +``` 
 + 
 +2．Homebrew for Macのインストール
  
 ``` ```
行 77: 行 102:
 #PATHへbrewコマンドを追加 #環境によって変わるのでbrewをインストールしたときに最後に出てくるメッセージをちゃんと読んでおく #PATHへbrewコマンドを追加 #環境によって変わるのでbrewをインストールしたときに最後に出てくるメッセージをちゃんと読んでおく
 #Homebrewはarm版も充実しているのでそのままインストールして問題なさそう #Homebrewはarm版も充実しているのでそのままインストールして問題なさそう
-(echo; echo 'eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"') >> /Users/suikou/.zprofile+(echo; echo 'eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"') >> $HOME/.zshrc
 eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)" eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"
 ``` ```
  
-2．condaのインストール+condaよりもbrewを後でインストールすることで、brewでインストールしたPATHのほうを優先するように設定する。(```more $HOME/.zshrc```で開いたファイルに、condaよりも後に```eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"```が出てくれば大丈夫)
  
-``` +3．Dockerの代わりにPodmanのインストール
-wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh +
-arch -x86_64 /bin/bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh +
-#x86_64でインストールするのが大事。armでインストールしてしまうと、condaにはほとんどパッケージがない +
-```+
  
-3．Docker (ではなくてPodman)のインストール+本の中でdockerと書かれている箇所は全てdocker->podmanと変更すればOK
  
 ``` ```
 brew install podman brew install podman
-#podmanの仮想マシンをダウンロード +#podmanの仮想マシンをダウンロード。cpu数、メモリー量は各自のPCに合わせて。volumeは実際に解析するときに使用するフォルダーの絶対パスを指定しておく。（下記はCPU数4、メモリー4GBで、現在のフォルダで解析を行う場合の例） 
-podman machine init+podman machine init --cpus 4 --memory 4096 --volume "$PWD:$PWD"
 #podmanの仮想マシンをスタート（OS再起動時は毎回行う) #podmanの仮想マシンをスタート（OS再起動時は毎回行う)
 +podman machine start
 +
 +#もし後からCPUやメモリー量、podmanで使いたいフォルダーを変更・追加するときは、下記のCPUやメモリー、マウントボリュームのパラメータを変更する
 +podman machine stop
 +podman machine set --cpus 4 --memory 4096 --volume "$PWD:$PWD"
 podman machine start podman machine start
  
行 105: 行 131:
 #Linux 66968c5f1f05 6.5.6-200.fc38.aarch64 #1 SMP PREEMPT_DYNAMIC Fri Oct  6 19:34:05 UTC 2023 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux #Linux 66968c5f1f05 6.5.6-200.fc38.aarch64 #1 SMP PREEMPT_DYNAMIC Fri Oct  6 19:34:05 UTC 2023 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
 ``` ```
 +
 +# 研究室のサーバで実行する人向けの補足
 +
 +研究室のサーバには予めcondaとpodmanがインストールされています。brewは研究室のサーバでは使用することが出来ません。もしbrewでしかインストール出来ないツールをソースコードからインストールすることが出来ない場合は吉武まで連絡してください。
 +
 +研究室のサーバでは、condaコマンドよりも高速なmambaをインストールしているので、conda installが遅いと感じた場合は、mamba installを使ってください。(mambaはcreateとinstallは実行できますが、mamba activateはできないのでconda activateを使ってください。)
 +
 +# 各章の始めに
 +
 +各章の最初のconda installコマンドを下記のように変更しておくと競合が発生しづらい。
 +
 +例：Chapter3-1の```conda install -c bioconda fastp```の場合
 +
 +```
 +conda create -n chapt3-1 -c bioconda fastp
 +conda activate chapt3-1
 +```
 +
 +解析を途中で止めて再度ターミナルを開いたときは、`conda activate chapt3-1`として環境を呼び出す必要があるので注意。
  
 # ツールのインストール # ツールのインストール
行 167: 行 212:
 conda deactivate conda deactivate
 ``` ```
 +
 +# Dockerコマンドは
 +
 +全てpodmanに置換
 +
 +例：
 +
 +```docker run --rm -v `pwd`:`pwd` trinityrnaseq/trinityrnaseq Trinity```
 +
 +↓
 +
 +```podman run --rm -v `pwd`:`pwd` trinityrnaseq/trinityrnaseq Trinity```
 +# 本の内容修正項目
 +
 +## SRA tools (prefetch, fastq-dump)
 +
 +```
 +conda install -c bioconda sra-tools
 +```
 +
 +でインストールされるバージョンは古いので、
 +
 +```
 +brew install sratoolkit
 +```
 +
 +を使う。
 +## fastq_screen
 +
 +```
 +conda install -c bioconda fastq-screen
 +```
 +
 +ではデータベースなどがインストールされないので、別途インストールする必要がある。
 +
 +Bowtie2のインデックスが次のページにあるので、例えばその中から適当なものを拾ってくる
 +
 +https://benlangmead.github.io/aws-indexes/bowtie
 +
 +```
 +#ヒトやシロイヌナヅナ、ゼブラフィッシュなどを登録する場合の例
 +mkdir db
 +cd db
 +wget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/bt/WBcel235.zip
 +wget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/bt/BDGP6.zip
 +wget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/bt/R64-1-1.zip
 +wget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/bt/TAIR10.zip
 +wget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/bt/GRCz11.zip
 +wget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/bt/GRCh38_noalt_as.zip
 +for i in *.zip; do unzip $i; done
 +
 +(echo "BOWTIE2 `which bowtie2`
 +THREADS         8"
 +for i in $PWD/*/*.rev.1.bt2; do echo DATABASE `basename $i .rev.1.bt2` `echo $i|sed 's/.rev.1.bt2$//'`; done) > $(realpath `which fastq_screen`).conf
 +
 +cd ..
 +```
 +
 +## wasabi
 +
 +まずRをどうやってインストールするかについては、Ubuntuの場合はターミナルで下記を実行してシステムライブラリーをインストールします。
 +
 +```
 +sudo apt install r-base
 +sudo apt install libssl-dev libfontconfig1-dev libcurl4-openssl-dev libharfbuzz-dev libfribidi-dev libfreetype6-dev libpng-dev libtiff5-dev libjpeg-dev
 +```
 +
 +そして、Rを実行して、Rのライブラリーをインストールします。
 +
 +```
 +R
 +install.packages("devtools", repos="http://cran.r-project.org")
 +
 +install.packages("BiocManager")
 +BiocManager::install("rhdf5")
 +
 +devtools::install_github("COMBINE-lab/wasabi")
 +```
 +
 +## kallisto
 +
 +普通にconda installしていれば大丈夫なのだけど、
 +
 +```
 +conda create -c bioconda -c conda-forge -n kallisto-env kallisto
 +```
 +
 +とconda-forgeも使うようにしてしまっていると、古めのCPUだとコアダンプするバイナリがインストールされてしまうので注意。(-c conda-forgeをつけなければOK)
  • rna-seq入門_2023.1698162976.txt.gz
  • 最終更新: 2023/10/24 15:56
  • by suikou