差分
このページの2つのバージョン間の差分を表示します。
両方とも前のリビジョン 前のリビジョン 次のリビジョン | 前のリビジョン | ||
rna-seq入門_2023 [2023/10/24 15:55] – suikou | rna-seq入門_2023 [2023/11/24 18:17] (現在) – suikou | ||
---|---|---|---|
行 3: | 行 3: | ||
## Windowsの人 | ## Windowsの人 | ||
- | 1. ターミナルを開いてwsl --install | + | 1. ターミナルを開いて`wsl --install` (初回インストール時は再起動が必要) |
- | 2.Homebrew for Linuxのインストール | + | 2.condaのインストール |
+ | |||
+ | ``` | ||
+ | wget https:// | ||
+ | bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh | ||
+ | # | ||
+ | ``` | ||
+ | |||
+ | 3.Homebrew for Linuxのインストール | ||
``` | ``` | ||
/bin/bash -c " | /bin/bash -c " | ||
# | # | ||
- | (echo; echo 'eval " | + | (echo; echo 'eval " |
eval " | eval " | ||
| | ||
行 17: | 行 25: | ||
sudo apt install build-essential | sudo apt install build-essential | ||
brew install gcc | brew install gcc | ||
- | |||
``` | ``` | ||
- | 3.condaのインストール | + | condaよりもbrewを後でインストールすることで、brewでインストールしたPATHのほうを優先するように設定する。(```more $HOME/ |
- | ``` | + | 4.Dockerの代わりにPodmanのインストール |
- | wget https:// | + | |
- | bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh | + | |
- | #最後にPATHに追加するかと聞かれるのでyesにしておく | + | |
- | ``` | + | |
- | 4.Docker (ではなくてPodman)のインストール | + | 本の中でdockerと書かれている箇所は全てdocker-> |
``` | ``` | ||
brew install podman | brew install podman | ||
+ | |||
+ | brew services start podman | ||
# | # | ||
行 43: | 行 48: | ||
## Mac (intel)の人 | ## Mac (intel)の人 | ||
- | 1.Homebrew for Macのインストール | + | 比較的新しいOSのバージョンまでアップデートしておかないと使えないツールが出てくる。Xcodeの最新版をインストール出来るかどうかが肝だと思われる。 |
+ | |||
+ | 1.condaのインストール | ||
+ | |||
+ | ``` | ||
+ | wget https:// | ||
+ | bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh | ||
+ | ``` | ||
+ | |||
+ | 2.Homebrew for Macのインストール | ||
``` | ``` | ||
/bin/bash -c " | /bin/bash -c " | ||
# | # | ||
- | (echo; echo 'eval " | + | (echo; echo 'eval " |
eval " | eval " | ||
``` | ``` | ||
- | 2.condaのインストール | + | condaよりもbrewを後でインストールすることで、brewでインストールしたPATHのほうを優先するように設定する。(```more $HOME/ |
- | ``` | + | 3.Dockerの代わりにPodmanのインストール |
- | wget https:// | + | |
- | bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh | + | |
- | ``` | + | |
- | 3.Docker (ではなくてPodman)のインストール | + | 本の中でdockerと書かれている箇所は全てdocker-> |
``` | ``` | ||
brew install podman | brew install podman | ||
- | # | + | # |
- | podman machine init | + | podman machine init --cpus 4 --memory 4096 --volume " |
# | # | ||
+ | podman machine start | ||
+ | |||
+ | # | ||
+ | podman machine stop | ||
+ | podman machine set --cpus 4 --memory 4096 --volume " | ||
podman machine start | podman machine start | ||
``` | ``` | ||
行 71: | 行 87: | ||
## Mac (M1以降)の人 (2020年後半以降のMac) | ## Mac (M1以降)の人 (2020年後半以降のMac) | ||
- | 1.Homebrew for Macのインストール | + | 1.condaのインストール |
+ | |||
+ | `x86_64でインストールするのが大事。armでインストールしてしまうと、condaにはほとんどパッケージがない` | ||
+ | |||
+ | ``` | ||
+ | wget https:// | ||
+ | arch -x86_64 /bin/bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh #arch -x86_64で実行するのを忘れずに! | ||
+ | ``` | ||
+ | |||
+ | 2.Homebrew for Macのインストール | ||
``` | ``` | ||
行 77: | 行 102: | ||
# | # | ||
# | # | ||
- | (echo; echo 'eval " | + | (echo; echo 'eval " |
eval " | eval " | ||
``` | ``` | ||
- | 2.condaのインストール | + | condaよりもbrewを後でインストールすることで、brewでインストールしたPATHのほうを優先するように設定する。(```more $HOME/ |
- | ``` | + | 3.Dockerの代わりにPodmanのインストール |
- | wget https:// | + | |
- | arch -x86_64 /bin/bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh | + | |
- | # | + | |
- | ``` | + | |
- | 3.Docker (ではなくてPodman)のインストール | + | 本の中でdockerと書かれている箇所は全てdocker-> |
``` | ``` | ||
brew install podman | brew install podman | ||
- | # | + | # |
- | podman machine init | + | podman machine init --cpus 4 --memory 4096 --volume " |
# | # | ||
+ | podman machine start | ||
+ | |||
+ | # | ||
+ | podman machine stop | ||
+ | podman machine set --cpus 4 --memory 4096 --volume " | ||
podman machine start | podman machine start | ||
行 102: | 行 128: | ||
#Linux 83d8b1007fde 6.5.6-200.fc38.aarch64 #1 SMP PREEMPT_DYNAMIC Fri Oct 6 19:34:05 UTC 2023 aarch64 Linux | #Linux 83d8b1007fde 6.5.6-200.fc38.aarch64 #1 SMP PREEMPT_DYNAMIC Fri Oct 6 19:34:05 UTC 2023 aarch64 Linux | ||
# | # | ||
+ | podman run -it --rm c2997108/ | ||
+ | #Linux 66968c5f1f05 6.5.6-200.fc38.aarch64 #1 SMP PREEMPT_DYNAMIC Fri Oct 6 19:34:05 UTC 2023 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux | ||
``` | ``` | ||
+ | |||
+ | # 研究室のサーバで実行する人向けの補足 | ||
+ | |||
+ | 研究室のサーバには予めcondaとpodmanがインストールされています。brewは研究室のサーバでは使用することが出来ません。もしbrewでしかインストール出来ないツールをソースコードからインストールすることが出来ない場合は吉武まで連絡してください。 | ||
+ | |||
+ | 研究室のサーバでは、condaコマンドよりも高速なmambaをインストールしているので、conda installが遅いと感じた場合は、mamba installを使ってください。(mambaはcreateとinstallは実行できますが、mamba activateはできないのでconda activateを使ってください。) | ||
+ | |||
+ | # 各章の始めに | ||
+ | |||
+ | 各章の最初のconda installコマンドを下記のように変更しておくと競合が発生しづらい。 | ||
+ | |||
+ | 例:Chapter3-1の```conda install -c bioconda fastp```の場合 | ||
+ | |||
+ | ``` | ||
+ | conda create -n chapt3-1 -c bioconda fastp | ||
+ | conda activate chapt3-1 | ||
+ | ``` | ||
+ | |||
+ | 解析を途中で止めて再度ターミナルを開いたときは、`conda activate chapt3-1`として環境を呼び出す必要があるので注意。 | ||
# ツールのインストール | # ツールのインストール | ||
行 165: | 行 212: | ||
conda deactivate | conda deactivate | ||
``` | ``` | ||
+ | |||
+ | # Dockerコマンドは | ||
+ | |||
+ | 全てpodmanに置換 | ||
+ | |||
+ | 例: | ||
+ | |||
+ | ```docker run --rm -v `pwd`:`pwd` trinityrnaseq/ | ||
+ | |||
+ | ↓ | ||
+ | |||
+ | ```podman run --rm -v `pwd`:`pwd` trinityrnaseq/ | ||
+ | # 本の内容修正項目 | ||
+ | |||
+ | ## SRA tools (prefetch, fastq-dump) | ||
+ | |||
+ | ``` | ||
+ | conda install -c bioconda sra-tools | ||
+ | ``` | ||
+ | |||
+ | でインストールされるバージョンは古いので、 | ||
+ | |||
+ | ``` | ||
+ | brew install sratoolkit | ||
+ | ``` | ||
+ | |||
+ | を使う。 | ||
+ | ## fastq_screen | ||
+ | |||
+ | ``` | ||
+ | conda install -c bioconda fastq-screen | ||
+ | ``` | ||
+ | |||
+ | ではデータベースなどがインストールされないので、別途インストールする必要がある。 | ||
+ | |||
+ | Bowtie2のインデックスが次のページにあるので、例えばその中から適当なものを拾ってくる | ||
+ | |||
+ | https:// | ||
+ | |||
+ | ``` | ||
+ | # | ||
+ | mkdir db | ||
+ | cd db | ||
+ | wget https:// | ||
+ | wget https:// | ||
+ | wget https:// | ||
+ | wget https:// | ||
+ | wget https:// | ||
+ | wget https:// | ||
+ | for i in *.zip; do unzip $i; done | ||
+ | |||
+ | (echo " | ||
+ | THREADS | ||
+ | for i in $PWD/ | ||
+ | |||
+ | cd .. | ||
+ | ``` | ||
+ | |||
+ | ## wasabi | ||
+ | |||
+ | まずRをどうやってインストールするかについては、Ubuntuの場合はターミナルで下記を実行してシステムライブラリーをインストールします。 | ||
+ | |||
+ | ``` | ||
+ | sudo apt install r-base | ||
+ | sudo apt install libssl-dev libfontconfig1-dev libcurl4-openssl-dev libharfbuzz-dev libfribidi-dev libfreetype6-dev libpng-dev libtiff5-dev libjpeg-dev | ||
+ | ``` | ||
+ | |||
+ | そして、Rを実行して、Rのライブラリーをインストールします。 | ||
+ | |||
+ | ``` | ||
+ | R | ||
+ | install.packages(" | ||
+ | |||
+ | install.packages(" | ||
+ | BiocManager:: | ||
+ | |||
+ | devtools:: | ||
+ | ``` | ||
+ | |||
+ | ## kallisto | ||
+ | |||
+ | 普通にconda installしていれば大丈夫なのだけど、 | ||
+ | |||
+ | ``` | ||
+ | conda create -c bioconda -c conda-forge -n kallisto-env kallisto | ||
+ | ``` | ||
+ | |||
+ | とconda-forgeも使うようにしてしまっていると、古めのCPUだとコアダンプするバイナリがインストールされてしまうので注意。(-c conda-forgeをつけなければOK) |