rna-seqデータからsnp解析

差分

このページの2つのバージョン間の差分を表示します。

この比較画面へのリンク

rna-seqデータからsnp解析 [2017/09/30 11:58] – 作成 118.240.79.26rna-seqデータからsnp解析 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1
行 1: 行 1:
-# RNA-seqデータからSNP解析 
  
-## 解析フロー 
- 
-基本的に2014/3/6に公開されたGATKの解析フローに基づく。  
-https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/article.php?id=3891 
- 
-1. STARの2passマッピングを使ってゲノムにRNA-seqデータをマッピング 
-https://github.com/alexdobin/STAR 
- 
-1. GATK HaplotypeCallerでSNP抽出 
-https://software.broadinstitute.org/gatk/ 
- 
-1. 全サンプルで共通するSNPを使ってサンプル間距離をクラスタリング 
- 
-## 使い方 
- 
-1. サーバにログインする。データ量にも依るがメモリ40GB以上のサーバを選ぶほうが無難。[[linux利用方法win|windowsから]], [[linux利用方法mac|macから]] 
- 
-1. 「work」フォルダ以下に適当なフォルダを作り(例：mkdir ~/work/test-snp)、その中にIlluminaペアエンドシーケンスファイルを置く(未圧縮のFASTQのみ可。gz圧縮されたFASTQファイルは不可)。 
- 
-1. リファレンスゲノム配列（FASTA形式）を同じフォルダに置く。（未圧縮のFASTAのみ可） 
- 
-1. ターミナルを開いて、ファイルを置いたフォルダに移動する(例：cd ~/work/test-snp)。 
- 
-1. ```script-RNAseq-SNPcall-singleend.sh```と入力する。 
- 
-1. 結果として、サンプル間距離を表すsample-relation.pdfと、SNPリストとしてoutput.xlsxが得られる。 
  • rna-seqデータからsnp解析.1506772691.txt.gz
  • 最終更新: 2017/09/30 11:58
  • by 118.240.79.26