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| parabricksの使い方 [2023/11/29 08:51] – 133.11.222.89 | parabricksの使い方 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1 | ||
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| - | # Parabricks | ||
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| - | NVIDIAのGPUを使って高速にBWAのマッピングが可能なソフトウェア。 | ||
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| - | 使い方としては、m1024にsshでログインして、作業フォルダとして「work/ | ||
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| - | ``` | ||
| - | ssh m1024 | ||
| - | # | ||
| - | cd ~/ | ||
| - | ``` | ||
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| - | とworkフォルダの中のmappingフォルダに移動する。もしまだBWAのインデックスを作っていないなら | ||
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| - | ``` | ||
| - | bwa index ref.fasta | ||
| - | ``` | ||
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| - | としてインデックスを作っておく。(ref.fastaは自分のFASTAファイル名に適宜変更) | ||
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| - | その他シーケンスファイルなども、シンボリックリンクではなく、ファイル本体を作業フォルダにコピーもしくはハードリンクを作成しておく。 | ||
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| - | その後singularity (現apptainer)でGPUを使いながら10倍以上高速なマッピングが可能になります。 | ||
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| - | ``` | ||
| - | # | ||
| - | apptainer exec --nv --bind $PWD:/mnt --pwd /mnt / | ||
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| - | # | ||
| - | apptainer exec --nv --bind $PWD:/mnt --pwd /mnt / | ||
| - | ``` | ||