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--- ngs解析パイプライン [2024/05/15 09:20] – 193.82.10.99
+++ ngs解析パイプライン [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1
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-# NGS解析パイプライン
-- [[参照配列なし(de novo) RNA-seq]]
-- [[参照配列ありRNA-seq]]
-- [[RNA-seqデータからSNP解析]]
-- [[IGVの使い方]]
-# Portable Pipeline
-私（吉武）が担当してきたRNA-seqやメタゲノム解析などで使用した解析フローをパイプライン化したソフトウェア。上記の解析フローも含まれている。RNA-seqはまずこれを使ってみると良いと思う。使用頻度の高そうなde novoのRNA-seqを実行する流れは下記の通り。
-まずは[[zabbix]]のサーバ負荷状況ページを見て、空いているサーバを選ぶ。Trinityのアセンブルなら、メモリーが200GB以上のサーバを選ぶのが無難。
-{{:pasted:20240515-091503.png}}
-空いている研究室のサーバにリモートデスクトップでログイン([[https://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/dokuwiki/doku.php?id=linux%E5%88%A9%E7%94%A8%E6%96%B9%E6%B3%95win#%E3%83%AA%E3%83%A2%E3%83%BC%E3%83%88%E3%83%87%E3%82%B9%E3%82%AF%E3%83%88%E3%83%83%E3%83%97%E6%8E%A5%E7%B6%9A%E3%82%92%E7%94%A8%E3%81%84%E3%81%9Flinux%E3%82%B5%E3%83%BC%E3%83%90%E3%81%B8%E3%81%AE%E6%8E%A5%E7%B6%9A|Win]],[[https://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/dokuwiki/doku.php?id=linux%E5%88%A9%E7%94%A8%E6%96%B9%E6%B3%95mac#remote_desktop%E3%82%92%E7%94%A8%E3%81%84%E3%81%9Flinux%E3%82%B5%E3%83%BC%E3%83%90%E3%81%B8%E3%81%AE%E6%8E%A5%E7%B6%9A|Mac]])したら、まずターミナルを開く。
-{{:pasted:20240515-085016.png}}
-ターミナルに「PortablePipeline」と打ち込んで、エンターを押す。デフォルトでは「m512p」サーバのディスクに出力されるように設定されている。
-{{:pasted:20240515-090912.png}}
-Portable Pipelineが起動したら、「```RNA-seq~Trinity-kallisto-sleuth```」を選択し、「input1」をクリックしてFASTQファイルを選択する。後々グリッドエンジンを利用して並列に実行したい場合は、「/suikou/files/」以下のディレクトリをたどって目的のFASTQファイルを開くこと。（「/suikou/files」以下は全サーバから同じパス(Path)で見えているため。）
-{{:pasted:20240515-090106.png}}
-また、「input2」に下記のような1行目のヘッダーに続いて、2行目以降に「フォワード側のFASTQファイル名＋スペース/タブ+グループ名」を書いたファイルを指定すると、二群間の総当たりの比較を行ってくれる。input1, input2を両方指定したら「Run」を押す。
-```
-id	condition
-h_A_1.fq.gz	0h
-h_B_1.fq.gz	0h
-week_A1_1.fq.gz	1w
-week_A2_1.fq.gz	1w
-```
-結果としては、[[http://suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/pp//RNA-seq~Trinity-kallisto-sleuth/contents/0_result.html|こんな感じ]]の結果が出力される。←のデータはサンプルデータでリード数が少なく二群間比較の途中でエラーが出ているけど、結果の雰囲気はこんな感じ。
-{{:pasted:20240515-091644.png}}
-解析結果を自分のPCにダウンロードしたいときは、ここ（[[データ転送win|Win]], [[データ転送mac|Mac]])の手順に従って、「m512p」サーバの「```/data/ユーザ名/work/PP_OUTPUT/output/```」フォルダを開く。