差分

このページの2つのバージョン間の差分を表示します。

--- mitofishのアノテーションファイルからcds領域を抽出 [2018/05/28 12:47] – 作成 133.11.222.89
+++ mitofishのアノテーションファイルからcds領域を抽出 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1
@@ 行 1: / 行 1: @@
-====== データチェック ======
-mitofishは魚類のミトコンドリア配列データベース。現在2500種が登録済み。登録されたミトコンドリア配列は遺伝子領域の予測がされているので、その領域の抽出を目指す。まずはデータを覗いてみる。
-<code>
-NC_000860_Salvelinus_fontinalis TOPOLOGY                circular
-        source  1..16624        ff_definition   NC_000860_Salvelinus_fontinalis mitochondrial DNA, ???
-                        organelle       mitochondrion
-                        organism        NC_000860_Salvelinus_fontinalis
-                        specimen_voucher        ???
-                        mol_type        genomic DNA
-        CDS     2843..3817      codon_start     1
-                        gene    ND1
-                        product NADH dehydrogenase subunit 1
-                        transl_table    2
-        CDS     4032..5080      codon_start     1
-                        gene    ND2
-                        product NADH dehydrogenase subunit 2
-                        note    Incomplete stop codon
-                        transl_except   (pos:5079..5080,aa:TERM)
-                        transl_table    2
-        ...
-        rRNA    69..1015        product 12S rRNA
-        rRNA    1088..2767      product 16S rRNA
-        tRNA    1..68   product tRNA-Phe
-        tRNA    1016..1087      product tRNA-Val
-        tRNA    2768..2842      product tRNA-Leu
-                        note    Anticodon: UAA
-        tRNA    3824..3895      product tRNA-Ile
-        tRNA    complement(3893..3963)  product tRNA-Gln
-        ...
-NC_000861_Salvelinus_alpinus    TOPOLOGY                circular
-        source  1..16659        ff_definition   NC_000861_Salvelinus_alpinus mitochondrial DNA, ???
-                        organelle       mitochondrion
-                        organism        NC_000861_Salvelinus_alpinus
-                        specimen_voucher        ???
-                        mol_type        genomic DNA
-        CDS     2843..3817      codon_start     1
-                        gene    ND1
-                        product NADH dehydrogenase subunit 1
-                        transl_table    2
-        CDS     4032..5081      codon_start     1
-                        gene    ND2
-                        product NADH dehydrogenase subunit 2
-                        transl_table    2
-        ...
-</code>
-どうも配列名の宣言のあとタブでずらしてCDS情報が列挙されてるっぽい。
-====== フォーマットチェック ======
-戦略を練るためもう少しフォーマットを確認。
-<code>
-[kijima.yusuke@m48 annotation]$ cat * | grep CDS | head -n 30
-        CDS     2843..3817      codon_start     1
-        CDS     4032..5080      codon_start     1
-        CDS     5472..7022      codon_start     1
-        CDS     7186..7876      codon_start     1
-        CDS     7952..8119      codon_start     1
-        CDS     8110..8792      codon_start     1
-        CDS     8793..9577      codon_start     1
-        CDS     9648..9996      codon_start     1
-        CDS     10067..10363    codon_start     1
-        CDS     10357..11737    codon_start     1
-        CDS     11950..13788    codon_start     1
-        CDS     complement(13785..14306)        codon_start     1
-        CDS     14379..15519    codon_start     1
-        CDS     2843..3817      codon_start     1
-        CDS     4032..5081      codon_start     1
-        CDS     5473..7023      codon_start     1
-        CDS     7187..7877      codon_start     1
-        CDS     7953..8120      codon_start     1
-        CDS     8111..8793      codon_start     1
-        CDS     8794..9578      codon_start     1
-        CDS     9649..9997      codon_start     1
-        CDS     10068..10364    codon_start     1
-        CDS     10358..11738    codon_start     1
-        CDS     11951..13789    codon_start     1
-        CDS     complement(13786..14307)        codon_start     1
-        CDS     14380..15520    codon_start     1
-        CDS     2840..3814      codon_start     1
-        CDS     4026..5070      codon_start     1
-        CDS     5461..7017      codon_start     1
-        CDS     7170..7860      codon_start     1
-</code>
-complementみたいな変な文字がたまに混入するっぽい。アミノ酸配列に変えるときコドン開始位置は気になるので一応チェックしてみる。
-<code>
-[kijima.yusuke@m48 annotation]$ cat * | grep CDS | cut -f 5 | uniq
-</code>
-全部1スタートで大丈夫ですね。
-====== 本番 ======
-イメージとしては配列名と転写開始終了位置がタブ区切りで並ぶ感じ。
-<code awk>
-cat * | awk 'BEGIN{tmp=0} /^[^\t]/{tmp=$1} /^\tCDS/{ORS="";print tmp"\t"$2"\n"}' | sed -e 's/\.\./\t/g' | sed -e 's/complement(\|)//g' > mitoCDSStartEnd
-</code>
-それでは結果を見てみます
-<code>
-[kijima.yusuke@m48 annotation]$ head -n 20 mitoCDSStartEnd
-NC_000860_Salvelinus_fontinalis 2843    3817
-NC_000860_Salvelinus_fontinalis 4032    5080
-NC_000860_Salvelinus_fontinalis 5472    7022
-NC_000860_Salvelinus_fontinalis 7186    7876
-NC_000860_Salvelinus_fontinalis 7952    8119
-NC_000860_Salvelinus_fontinalis 8110    8792
-NC_000860_Salvelinus_fontinalis 8793    9577
-NC_000860_Salvelinus_fontinalis 9648    9996
-NC_000860_Salvelinus_fontinalis 10067   10363
-NC_000860_Salvelinus_fontinalis 10357   11737
-NC_000860_Salvelinus_fontinalis 11950   13788
-NC_000860_Salvelinus_fontinalis 13785   14306
-NC_000860_Salvelinus_fontinalis 14379   15519
-NC_000861_Salvelinus_alpinus    2843    3817
-NC_000861_Salvelinus_alpinus    4032    5081
-NC_000861_Salvelinus_alpinus    5473    7023
-NC_000861_Salvelinus_alpinus    7187    7877
-NC_000861_Salvelinus_alpinus    7953    8120
-NC_000861_Salvelinus_alpinus    8111    8793
-NC_000861_Salvelinus_alpinus    8794    9578
-</code>
-まあいいんじゃないでしょうか