local_blast_server_セットアップ手順

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local_blast_server_セットアップ手順 [2023/12/13 14:21] – suikoulocal_blast_server_セットアップ手順 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1
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-# ラボ内blastサーバ設置方法 
- 
-- 設置サーバ：m208 
- 
-- アカウント：user1 
- 
-- DBの場所：`/suikou/files/m208/user1/work/Local_Blast_Server/` 
- 
-- 起動コマンド：`podman start beautiful_grothendieck` 
- 
-具体的には下記の手順でuser1で自動実行に登録される。 
- 
-``` 
-podman generate systemd --files --name beautiful_grothendieck 
-cp container-beautiful_grothendieck.service ~/.config/systemd/user/ 
-systemctl --user enable --now container-beautiful_grothendieck.service 
-``` 
- 
-# 汎用的な設置方法 
- 
-Local Blast Serverのデータベースを配置したい場所に移動する 
- 
-```cd /path/to/directory``` 
- 
-Local Blast Serverをgit clone＆ビルド。 
- 
-``` 
-git clone --recursive https://github.com/hmizobata/local_blast_server3.git 
-cd local_blast_server3 
-podman build -t local_blast_server . 
-``` 
- 
-移行データがあれば、db/db_nucl,db/db_protにそれぞれコピーする。例えば以下のように。 
- 
-``` 
-scp mizobata.hideaki@m768.s:/data2/sequenceserver/sequenceserver-2.0.0-db/db_nucleotide/* db/db_nucl/ 
-scp mizobata.hideaki@m768.s:/data2/sequenceserver/sequenceserver-2.0.0-db/db_protein/* db/db_prot/ 
-``` 
- 
-コンテナの起動 
- 
-``` 
-podman run -it -p ${localblastserverに使いたいポート番号}:3000 -p ${sequenceserverに使いたいポート番号}:4567 -v ${PWD}/db:/db -e seqserver_url=${sequenceserverのurl} local_blast_server:latest 
-``` 
- 
-例えば以下のような感じ。 
- 
-``` 
-podman run -it -p 3000:3000 -p 4567:4567 -v ${PWD}/db:/db -e seqserver_url=http://suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp:4567/ local_blast_server:latest 
-``` 
- 
-※runするとTerminalのそのタブはコマンドを打てなくなるので、ほかのタブで再度サーバーに接続する。 
- 
-起動中のコンテナの名前を確認 
- 
-``` 
-podman ps 
- 
-CONTAINER ID  IMAGE                                COMMAND               CREATED             STATUS             PORTS                                           NAMES 
-abbebb63ee2d  localhost/local_blast_server:latest  bash -c bash /loc...  About a minute ago  Up About a minute  0.0.0.0:3000->3000/tcp, 0.0.0.0:4567->4567/tcp  beautiful_grothendieck 
-``` 
- 
-自動起動ファイルの作成。先ほど確認したコンテナ名を使う。 
- 
-``` 
-podman generate systemd --files --name beautiful_grothendieck 
-cp container-beautiful_grothendieck.service ~/.config/systemd/user/ 
-systemctl --user enable --now container-beautiful_grothendieck.service 
-``` 
  
  • local_blast_server_セットアップ手順.1702477308.txt.gz
  • 最終更新: 2023/12/13 14:21
  • by suikou