gtfファイルに登録されたlocus情報からcdnaのfastaを作成

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gtfファイルに登録されたlocus情報からcdnaのfastaを作成 [2018/05/15 01:01] – 133.11.222.89gtfファイルに登録されたlocus情報からcdnaのfastaを作成 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1
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-====== gtfから転写物のfastaを作成する ====== 
  
-gtfファイルは以下のような体裁になっている。 
-<code> 
-##gff-version 3 
-GapFilledScaffold_13710 .       contig  1       7092    .       .       .       ID=GapFilledScaffold_13710;Name=GapFilledScaffold_13710 
-GapFilledScaffold_17710 .       contig  1       2993    .       .       .       ID=GapFilledScaffold_17710;Name=GapFilledScaffold_17710 
-GapFilledScaffold_10533 .       contig  1       16412   .       .       .       ID=GapFilledScaffold_10533;Name=GapFilledScaffold_10533 
-GapFilledScaffold_11492 .       contig  1       12891   .       .       .       ID=GapFilledScaffold_11492;Name=GapFilledScaffold_11492 
-GapFilledScaffold_14711 .       contig  1       5716    .       .       .       ID=GapFilledScaffold_14711;Name=GapFilledScaffold_14711 
-GapFilledScaffold_17761 .       contig  1       2963    .       .       .       ID=GapFilledScaffold_17761;Name=GapFilledScaffold_17761 
-GapFilledScaffold_20308 .       contig  1       2072    .       .       .       ID=GapFilledScaffold_20308;Name=GapFilledScaffold_20308 
-GapFilledScaffold_11884 .       contig  1       20155   .       .       .       ID=GapFilledScaffold_11884;Name=GapFilledScaffold_11884 
-GapFilledScaffold_8849  .       contig  1       24279   .       .       .       ID=GapFilledScaffold_8849;Name=GapFilledScaffold_8849 
-</code> 
-4列目が転写開始位置、5列目が終了位置を示しており、ここから転写物のfastaファイルを作成したい。 
- 
-ここでも''seqkit''が使える。参考：[[fastaファイルから欲しい配列のみ抜き出す|fastaファイルから欲しい配列を抜き出す]] 
- 
-<code> 
-[kijima.yusuke@m48 NotFur1]$ seqkit subseq --gtf NotFur1_protein_coding_gene_models_15-07-2014.gff3 NotFur1_genome_draft.fa > killifish_cDNA_draft.fa 
-[kijima.yusuke@m48 NotFur1]$ grep -A 2 ">" killifish_cDNA_draft.fa | head 
->GapFilledScaffold_16546_1-3808:. 
-CATAAATAATCTCTTGGTTCAGTATAAATGTATTTTAATTACTGAAATGACTTATTATGC 
-TTTGGGTATAGTAATGATTATTGTGATAATTGGTTATGTGTGTTCAGTAAACCAGAAGGT 
--- 
->GapFilledScaffold_17041_1-3418:. 
-ATAAGCCCACAAATGTGTAACTGGACTACTTCTTTAAAGTGACACCAGGCCCGGTGACCT 
-TTGGGACATGGTTTGACCCCCTATAGGAATGTGTGATTATCATGAAACGTTCAGATCACT 
--- 
->GapFilledScaffold_13586_448-6001:- 
-ACCCAACACTGTTCTACGGTTACGGTTTAACCACTTTGCCACCGAGTGCAGCTGGGACCA 
-</code> 
  • gtfファイルに登録されたlocus情報からcdnaのfastaを作成.1526346074.txt.gz
  • 最終更新: 2018/05/15 01:01
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