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--- grid_engine_設定 [2023/08/23 22:47] – suikou
+++ grid_engine_設定 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1
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-# queの追加
-```
-#queの一覧
-qconf -sql
-#並列環境を追加
-qconf -ap def_slot_back #slot 999に
-qconf -aq back.q
-#hostlist              @allhosts　に
-#pe_listにdef_slot_backを追加し、make smp mpiを削除
-#slotsを1,...->0,...に変更
-#できればqsub時にdef_slot_backを指定しないとジョブが流れないようにしたかったけど、上の設定では何もpe_listを指定しない場合はback.qに流れてしまう。
-```
-# def_slotの追加
-```
-qconf -ap def_slot
-// slot 999に変更
-#qconf -aq debug.q
-qconf -aattr queue pe_list def_slot all.q
-#qconf -aattr queue pe_list def_slot debug.q
-```
-# 各ノードのメモリー量の設定
-まず、グリッドエンジンでのcomplex attributeにmem_reqを追加するために、下記のように行う。
-qconf -mc
-で次の行を追加する。
-```
-mem_req             mem_req    MEMORY      <=    YES         YES        1G      0
-```
-それから各ノードで
-```
-qconf -rattr exechost complex_values mem_req=128G m128
-```
-とやってメモリー量を設定する。
-qsubを投げるときに、
-```
-qsub -l mem_req=30G -q all.q@m128
-```
-などとやると、最大でも4ジョブまでしかm128には入らない。ただし、メモリーを30GB以上使ったとしてもジョブをkillすることはしない。もし必要であれば、h_vmem当たりを使うとよさそう。
-ここで指定するmem_reqは1コア当たりのメモリ量なので、def_slotを使って複数スロットを使う場合は、mem_req x def_slot分のメモリーを予約するので注意。
-仮にmem_reqを指定しない場合は、qconf -mcで設定した1Gが消費される。
-mem_reqのcomplex attributes設定の確認は
-```
-qconf -sc
-```
-ノードごとのメモリー設定量は下記で表示される。
-```
-qconf -se m8.s
-```
-# load averageが高い原因の調査
-```
-ps aux -L | egrep -w "R.|D." | grep -v grep |grep -v "ps aux"
-```
-# ジョブの再実行
-```
-qmod -r job_id
-```
-jobがEqwになったエラーステータスを解除するだけなら
-```
-qmod -cj job_id
-```
-# ジョブの途中でqsubのパラメータを変更したいとき
-```
-例
-qalter -r yes job_id
-qalter -q back.q -pe def_slot_back 4 -l mem_req=0G job_id
-```
-# ホストがstates Eの時の原因表示
-```
-qstat -f -explain E
-```
-次のコマンドでエラーを消せる（が、ジョブを投げると再びエラーに・・・）
-```
-qmod -c '*'
-```
-原因はよくわからないけど、sge_execdをkillして、```/etc/init.d/sgeexecd.p6444 start```でリスタートかけると上手くジョブが流れるようになった。
-# 251でホストがstates Eのときの対応
-ディスク不足などでエラーとなった場合
-```
-$ qstat -f
-queuename                      qtype resv/used/tot. load_avg arch          states
----------------------------------------------------------------------------------
-all.q@m50v251n1                BIP   0/0/16         0.01     lx-amd64      E
----------------------------------------------------------------------------------
-all.q@m50v251n2                BIP   0/0/16         0.04     lx-amd64      E
----------------------------------------------------------------------------------
-all.q@m50v251n3.s              BIP   0/0/16         0.01     lx-amd64      E
-```
-```
-sudo su -
-source /opt/sge/default/common/settings.sh
-qmod -c all.q@m50v251n1
-```
-とやるとエラーが消えて復旧。
-# schedd_job_info の有効化 (2022/7/28)
-```
-qconf -msconf
-```
-で、
-```
-schedd_job_info true
-```
-にする。
-# m50vXXXに16コア分ジョブが入らない件の調査
-```qhost -F```して、hc:mem_req=0.000などとなっていないか見る。
-それでも、qsubの時に```-l mem_req=0G```をつけると一応流れるようにはなる。つけないとデフォルトのmem_req=1Gが設定されるため流れない。
-# 管理者ユーザの追加
-```
-qconf -am yoshitake
-```
-# 管理者のメールアドレスの変更
-```
-qconf -mconf global
-```