差分
このページの2つのバージョン間の差分を表示します。
| flashの使用方法 [2021/09/28 03:11] – 作成 133.11.144.10 | flashの使用方法 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1 | ||
|---|---|---|---|
| 行 1: | 行 1: | ||
| - | ===== Flashの使い方 ===== | ||
| - | こちらのページを参考にした。[[https:// | ||
| - | |||
| - | ==== Flashとは ==== | ||
| - | ペアエンドリード間の正確なオーバーラップを検出し、それらをつなぎ合わせてリードを拡張するソフトウェアツール（Paired-end read assembly） | ||
| - | |||
| - | ==== Paired-end read assemblyとは ==== | ||
| - | Paired-end read assemblyというのは、MiFishプライマーで増幅されるのはせいぜい２００塩基程度だが、HISeqなどで読むと、片側１５０塩基のペアエンドデータが得られるので、パラメータによりますが２０〜３０塩基以上重なる領域があれば、ペアエンドをつなげて一本のシングルエンドにしてしまうこと | ||
| - | |||
| - | ==== コマンド ==== | ||
| - | |||
| - | 以下のコマンドを実行することでPaired-end read assemblyが実行できる。 | ||
| - | |||
| - | flash pair1.fq(.gz) pair2.fq(.gz) | ||
| - | |||
| - | マージされたシーケンスデータは '' | ||
| - | |||
| - | また'' | ||
| - | |||
| - | flash pair1.fq(.gz) pair2.fq(.gz) -d dir/ | ||
| - | |||
| - | gz圧縮されたファイルもそのまま使用することができるが、出力はfastq形式(解凍された状態)になる。 | ||
| - | |||
| - | ==== オーバーラップのサイズのパラメータの設定 ==== | ||
| - | |||
| - | '' | ||
| - | |||
| - | MiFishプライマーで増幅されるのはせいぜい200塩基程度、HISeqなどで読むと、片側150塩基のペアエンドデータが得られることからオーバーラップは100塩基程度と想定される。 | ||
| - | |||
| - | 今回はMinのオーバーラップのサイズはデフォルトの10塩基、Maxのオーバーラップのサイズは300塩基で指定した。 | ||
| - | |||
| - | flash pair1.fq(.gz) pair2.fq(.gz) -d dir/ -M 300 | ||