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--- docker [2021/02/16 05:16] – [Docker -> Singularityイメージの変換 (Singularity ver. 2.5 ~ 3)その２] 220.110.251.40
+++ docker [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1
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-# docker
-##コンテナの起動
-```
-docker run -it --rm -v $PWD:/mydata yoshitake/centos7:02 bash
-```
-- --rmオプションをつけると、終了時にコンテナを削除してくれる。
-- -v $PWD:/mydataで現在のディレクトリを/mydata以下で見られるようにする。
-さらにグラフィカルなツールでX11を使いたい場合、
-```
-docker run --rm -it -e DISPLAY=$DISPLAY -v $HOME/.Xauthority:/root/.Xauthority gns3/xeyes bash
-```
-##コンテナ一覧表示
-docker ps -a
-##起動中コンテナをイメージとして保存
-docker commit [編集したコンテナID] [保存するコンテナ名]
-##起動中コンテナにログイン
-### exitで抜けた場合
-docker start [コンテナID]
-docker attach [コンテナID]
-もしくは
-docker exec -it [コンテナID] bash
-### ctrl + p + qで抜けた場合
-docker attach [コンテナID]
-# Singularityの使用
-## Docker -> Singularityイメージの変換 (Singularity ver. 2.5 ~ 3)
-適当なdockerイメージをダウンロードして、適当にツールをインストール
-```
-docker run -it centos/centos7 bash
-yum XXX
-exit
-```
-```
-docker ps -a
-```
-で出てくるコンテナIDをメモ
-```
-docker commit [コンテナID] [保存するコンテナ名(ここでは適当にalpineとする)]
-```
-ローカルにdockerイメージを保存するサーバをdockerで起動して、その中にイメージを保存
-```
-docker run -d -p 5000:5000 --restart=always --name registry registry:2 #コンテナを起動させる回だけ実行すればよい
-docker tag alpine localhost:5000/alpine
-docker push localhost:5000/alpine
-```
-次のようなdefファイルを作る(ここでは適当にファイル名はdefとする)
-```
-Bootstrap: docker
-Registry: http://localhost:5000
-Namespace:
-From: alpine:latest
-```
-Singularityイメージの作成
-```
-sudo SINGULARITY_NOHTTPS=1 /suikou/tool/singularity_v2019-03-12/bin/singularity build alpine.simg def
-```
-## Docker -> Singularityイメージの変換 (Singularity ver. 2.5 ~ 3)その２
-```
-sudo docker create --name for_export ubuntu:latest
-sudo docker export for_export > ubuntu.tar
-sudo docker rm for_export
-mkdir for_export_dir
-tar vxf ubuntu.tar -C for_export_dir
-/suikou/tool/singularity-3.3.0-rc.1/bin/singularity build ubuntu.sif for_export_dir
-rm -rf for_export_dir
-```
-## Docker -> Singularityイメージの変換 (Singularity ver. 2.5 ~ 3)その３
-```
-sudo singularity build hello-singularity.sif docker-daemon://hello-world:latest
-```
-## Singularityイメージの使用
-```
-singularity pull --name bwa.img docker://quay.io/biocontainers/bwa:0.7.17--h84994c4_5
-singularity shell bwa.img
-#インストール時に一度だけ
-#sudo chown root /suikou/tool/singularity_v2019-03-12/libexec/singularity/bin/starter-suid
-#を実行してsetuidをrootに設定する必要があるかも。もしくは/usr/以下にインストールしなくてもsudo make installを使ってインストールする。
-singularity shell --bind /suikou/ bwa.img # /suikou/をコンテナ内でも見えるようにする場合
-```
-研究室のサーバではカーネルが古いサーバが多く、
-```
-ERROR  : Failed to set effective UID to 0
-```
-となり動かないことが多い。。。
-## Docker -> Singularityイメージの変換 (Singularity ver. 2.1.2)
-CentOS5ではSingularity ver. 2.1.2までしか動かないため
-作業はCentOS7で行う。
-```
-sudo docker run -it centos/centos6 bash
-yum XXX
-exit
-```
-```
-sudo docker ps -a
-```
-で出てくるコンテナIDをメモ
-ローカルにdockerイメージを保存する
-```
-sudo docker export [コンテナID] > centos6.docker.tar
-```
-Singularityにインポート (ここからCentOS5)
-```
-sudo singularity create --size 20480 centos6.img
-cat centos6.docker.tar|sudo singularity -v import centos6.img
-```
-Singularityの起動
-```
-singularity shell centos6.img
-```