差分

このページの2つのバージョン間の差分を表示します。

--- clcの使い方 [2021/04/19 10:59] – [CLCの使い方] 118.240.79.152
+++ clcの使い方 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1
@@ 行 1: / 行 1: @@
-# CLCの使い方
-．m1536.sもしくはm768c.sにリモートデスクトップ接続でログインします。(次の接続方法参照 [[http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/dokuwiki/doku.php?id=linux%E5%88%A9%E7%94%A8%E6%96%B9%E6%B3%95win#%E3%83%AA%E3%83%A2%E3%83%BC%E3%83%88%E3%83%87%E3%82%B9%E3%82%AF%E3%83%88%E3%83%83%E3%83%97%E6%8E%A5%E7%B6%9A%E3%82%92%E7%94%A8%E3%81%84%E3%81%9Flinux%E3%82%B5%E3%83%BC%E3%83%90%E3%81%B8%E3%81%AE%E6%8E%A5%E7%B6%9A|Windows]], [[http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/dokuwiki/doku.php?id=linux%E5%88%A9%E7%94%A8%E6%96%B9%E6%B3%95mac#remote_desktop%E3%82%92%E7%94%A8%E3%81%84%E3%81%9Flinux%E3%82%B5%E3%83%BC%E3%83%90%E3%81%B8%E3%81%AE%E6%8E%A5%E7%B6%9A|Mac]] )
-．デスクトップにある「CLC for m1536」もしくは「CLC for m768c」というアイコンをダブルクリックします。
-{{:pasted:20210419-182258.png}}
-．いくつかライセンスの切れたプラグインの警告が出たり、ライセンスのない最新版へバージョンアップするかなどのダイアログが出ますが、すべてスキップしてください。
-{{:pasted:20210419-182438.png}}
-．今回は例としてバクテリアゲノムのIlluminaシーケンスデータをアセンブルしてみたいと思います。真核生物でも同じ手順です。通常はデータは手元にあると思いますが、今回はFirefoxというウェブブラウザを起動して公開されているシーケンスデータを探しに行きます。
-{{:pasted:20210419-182819.png}}
-余談ですが、以前Firefoxを起動したときにクラッシュしたなどが原因で、他のFirefoxが起動しているため起動できないというエラーが出た場合は、「アプリケーション」→「ターミナルエミュレータ」を起動して、下記のコマンドを入力すれば手っ取り早くFirefoxが起動できるようになります。ただし、Firefoxの履歴などは全部消えます。
-```
-rm -rf ~/.mozilla/firefox
-```
-．FirefoxでDDBJのDRASearchというサイトを開く。https://ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/
-．例えば、Organism: Escherichia coli（大腸菌）, StudyType: Whole Genome Sequencing, Platform: Illuminaを指定して検索してみる。
-{{:pasted:20210419-183707.png}}
-．検索結果の中のDRP001687などをクリックすると、各プロジェクトの詳細を見ることができ、右のほうにFASTQファイルのリンクがある。
-{{:pasted:20210419-184317.png}}
-．FASTQをダウンロードしようとすると、ファイルを保存するかどうか聞かれるので、「ファイルを保存する」を選択してOKを押す。2021年4月はちょうどFTPプロトコルが廃止されたばかりで、たぶん手元のPCのChromeなどでFASTQをダウンロードしようとしてもChromeやEdgeではダウンロードできない。いずれFTPではなくHTTPにDDBJ側が移行すると思われるけど、今はサーバにインストールされている古いFirefoxを使うほうが無難。Firefoxも近い将来FTPを廃止する予定。
-{{:pasted:20210419-184639.png}}
-保存先は出来れば、ホームフォルダの下の「work」フォルダにしてほしい。研究室のサーバではホームフォルダはm32sというサーバのホームフォルダを共有しているけど、「work」フォルダは各サーバに固有の（通常大容量の）「/data」フォルダにリンクされているので、共有のホームフォルダを消費しないで済む。
-{{:pasted:20210419-185111.png}}
-Forward reads (```_1.fastq```)と、Reverse reads (```_2.fastq```)を両方ダウンロードする。Illuminaは通常ペアエンドでシーケンスされる。Nanoporeなど別のシーケンサーによっては一つだけの場合もあるし、Illuminaでもシングルエンドだけ読む場合もある。
-．CLC Genomics Workbenchを開いて、「Import」→「Illumina」を選択する。CLCはgzip, bzip2圧縮に対応しているので、ダウンロードしたファイルをそのままインポート可能。
-{{:pasted:20210419-185450.png}}
-．先ほどダウンロードした2つのファイルを選択し、ペアエンドであれば「Paired reads」にチェックを入れる。ペアリード間の距離を入力する必要があるが、通常200 - 800 bp程度なので、その程度の値を書いておけば十分。アセンブル時にscaffoldingするステップで多少Nの長さに影響するが、あまり気にしなくても良いと思う。
-{{:pasted:20210419-190253.png}}
-．あとは適当にNextを押しておけばよい。
-{{:pasted:20210419-190327.png}}
-．新しいフォルダーを作っておいて、そこに保存したほうが後々わかりやすいかも。選んだら「Finish」を押す。
-{{:pasted:20210419-190432.png}}
-．
-．
-．
-．
-# OS入れ替え前の古いファイルを見たい場合
-m1536.s, m768.sにログインするときに、
-ID: suikou
-パスワード: suikou
-でログインしてください。
-このユーザで「CLC for m1536」もしくは「CLC for m768c」を実行すると、古いデータが見えます。