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| blast結果のidからdbにマッチする行を再検索 [2018/07/09 09:37] – 作成 133.11.222.89 | blast結果のidからdbにマッチする行を再検索 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1 | ||
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| 行 1: | 行 1: | ||
| - | ====== blast結果のidからデータベース内で該当する行を再検索 ====== | ||
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| - | nr等にblastした場合、通常の設定だとresultとして得られるのは遺伝子のアクセッションIDのみ。結局ヒットした遺伝子の生物種など詳細な情報が知りたいので、アクセッションIDでDB内を再検索する必要がある。nr等の巨大なDBでgrepするのは例え-mに1を加えても効率が悪すぎるため、ソートしたDBのヘッダー行を用いて二分探索を行う。これにより計算時間がlog2に減少する。 | ||
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| - | <code bash> | ||
| - | while read line; do look $(echo $line | sed -e ' | ||
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| - | # | ||
| - | # | ||
| - | # | ||
| - | </ | ||
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