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--- blast用sequence_serverのセットアップ [2024/07/16 12:56] – suikou
+++ blast用sequence_serverのセットアップ [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1
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-# sequence server 2のセットアップ手順
-```
-name=sskuro
-port=9392
-dbpath=/data2/sequenceserver/$name
-sudo mkdir $dbpath
-podman generate systemd --files --name $name
-mv container-$name.service ~/.config/systemd/user/
-systemctl --user enable --now container-$name.service
-#docker run -it --name $name -p $port:4567 -v $dbpath:/db wurmlab/sequenceserver:2.0.0
-#Ctrl-Cで停止
-docker update --restart=always $name
-#OS起動時にいつでも起動するように設定して、$port ポートで待ち受け。上の例だと9392
-#ルータのポート変換を設定して http://suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp:9392/ でアクセス可能に。
-#blast dbを作るときは、
-/suikou/tool/ncbi-blast-2.13.0+/bin/makeblastdb -in test4.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -hash_index
-docker restart $name
-```
-|m768の公開ポート|用途|
-|4567|研究室内用Sequence Server2|
-|3000|研究室内容DB編集|
-|9392|黒河内さん用Sequence Server2|
-# Dockerを使う方法 (古い手順)
-適当なディレクイトリにBLASTのデータベースファイルを置いておく。/data2/blast/flatworm/db/とか、/data2/fujimura/blastserverとか。
-```
-docker run --name brave_minsky -p 3030:4567 -v /suikou/files/m16/yoshitake.kazutoshi/work/fishgenome/:/suikou/files/m16/yoshitake.kazutoshi/work/fishgenome/ -v /data2/fujimura/blastserver:/db wurmlab/sequenceserver:2.0.0.rc8
-docker stop brave_minsky
-```
-で、dockerコンテナを作っておく。
-/etc/systemd/system/sequenceserver.serviceを作る。3030番ポートを公開する場合の例。
-```
-[Unit]
-Description=sequence server
-Requires=docker.service
-After=syslog.target network.target
-[Service]
-#ExecStart=/usr/bin/docker run --rm -ti -p 3030:4567 -v /suikou/files/m16/yoshitake.kazutoshi/work/fishgenome/:/suikou/files/m16/yoshitake.kazutoshi/work/fishgenome/ -v /data2/fujimura/blastserver:/db wurmlab/sequenceserver:2.0.0.rc8
-ExecStart=/usr/bin/docker start -a brave_minsky
-ExecStop=/usr/bin/docker stop -t 10 brave_minsky
-Restart=always
-User=yoshitake.kazutoshi
-[Install]
-WantedBy=default.target
-```
-```
-sudo systemctl start sequenceserver
-sudo systemctl enable sequenceserver
-```
-.168.251.1のポート開放設定で、3030を192.168.251.107 (m768)に転送するように設定する。
-# Apacheに直接追加する場合
-適当なフォルダに、
-```
-/data2/blast/flatworm/sequenceserver-1.0.11
-/data2/blast/flatworm/sequenceserver-1.0.11.conf
-```
-をコピーし、適当にdbフォルダを作って、```sequenceserver-1.0.11/config.ru```と、```sequenceserver-1.0.11.conf```を編集する。
-/etc/httpd/conf/httpd.confに下記を追加する。
-```
-Alias /ss-flatworm /data2/blast/flatworm/sequenceserver-1.0.11/public
-<Location /ss-flatworm>
-    PassengerBaseURI /ss-flatworm
-    PassengerAppRoot /data2/blast/flatworm/sequenceserver-1.0.11
-</Location>
-<Directory /data2/blast/flatworm/sequenceserver-1.0.11/public>
-    Options -MultiViews
-    Require all granted
-</Directory>
-```
-```
-sudo systemctl restart httpd.service
-```
-最新版のsequenceserver2は、rubyのbundleをインストールするあたりで環境を壊してしまったので、バックアップからrubyを復元した。